| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 641,944 | G→A | 10.5% | E212K (GAA→AAA) | ybdR → | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 641,944 | 0 | G | A | 10.5% | 163.1 / 8.7 | 57 | E212K (GAA→AAA) | ybdR | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/17); new base A (3/3); total (37/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
GCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATCCC > W3110S.gb/641876‑642014 | gCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTG‑‑AATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGaa > 1:834571/1‑69 (MQ=255) gCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑t > 1:1294694/1‑71 (MQ=255) cAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑tt < 1:2749490/71‑1 (MQ=255) gTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑tttt < 1:4237965/71‑1 (MQ=255) cTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑t > 1:1022839/1‑66 (MQ=255) cTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttg > 1:1315176/1‑71 (MQ=255) tATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgt > 1:3549097/1‑71 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGGCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:3649273/1‑71 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:763097/1‑71 (MQ=255) tGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:4198592/1‑71 (MQ=255) gTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgtt < 1:1531967/71‑1 (MQ=255) gTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgtt > 1:2836156/1‑71 (MQ=255) tGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:4520512/1‑68 (MQ=255) tGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:3915271/1‑68 (MQ=255) tGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttg > 1:3331484/1‑68 (MQ=255) cTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGat > 1:369327/1‑71 (MQ=255) gTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcat < 1:2993120/71‑1 (MQ=255) ccTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatca > 1:1620490/1‑71 (MQ=255) cTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgtt > 1:4538896/1‑62 (MQ=255) gtgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGat > 1:971990/1‑63 (MQ=255) tgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatc < 1:536220/63‑1 (MQ=255) tgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATccc < 1:3964651/71‑1 (MQ=255) tgGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATccc > 1:3264874/1‑71 (MQ=255) gggATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑ttttt > 1:358425/1‑52 (MQ=255) ggATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTa > 1:2587647/1‑71 (MQ=255) ttgttgACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgttgtt > 1:3169056/1‑54 (MQ=255) gttgACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTttgtt > 1:3497013/1‑49 (MQ=255) gttgACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcat > 1:872114/1‑58 (MQ=255) cAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCAt < 1:1144663/71‑1 (MQ=255) aaTCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCAtt < 1:161468/71‑1 (MQ=255) aTCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTg < 1:3519296/66‑1 (MQ=255) cTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGat > 1:2977873/1‑43 (MQ=255) tgCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCgccgcc > 1:2995586/1‑70 (MQ=255) cACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTAc > 1:1232603/1‑50 (MQ=255) ggTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGc < 1:803134/71‑1 (MQ=255) ggTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGc > 1:774951/1‑71 (MQ=255) gTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatgatc < 1:2542269/38‑1 (MQ=255) gTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCgccgcc > 1:2006572/1‑64 (MQ=255) ttGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGatcatcat < 1:35995/39‑1 (MQ=255) tGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTAc > 1:2695961/1‑71 (MQ=255) gCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATcc > 1:1948438/1‑39 (MQ=255) acgGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttga < 1:1374633‑M1/43‑16 (MQ=255) cGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTAc > 1:1325224/1‑40 (MQ=255) cGGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttg < 1:3242642‑M1/42‑15 (MQ=255) cGGTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttg < 1:3862677‑M1/42‑15 (MQ=255) ggTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGgcgc > 1:3570034/1‑71 (MQ=255) ggTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGgcgc > 1:1102884/1‑71 (MQ=255) ggTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCATACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGgcgc > 1:4182593/1‑71 (MQ=255) ggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaa > 1:298811‑M1/1‑27 (MQ=255) ggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaa > 1:108194‑M1/1‑27 (MQ=255) ggTGAGAAACAGATTTTTTGTTGTTGAagaactgttttttgaa > 1:2943343‑M1/1‑27 (MQ=255) gTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGcgcg < 1:197956/71‑1 (MQ=255) gTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCACCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGcgcg < 1:1433453/71‑1 (MQ=255) tGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTg < 1:938515/43‑1 (MQ=255) gCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCgccgcc < 1:1007660/54‑1 (MQ=255) cGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGAt < 1:3031495/70‑1 (MQ=255) cGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATc > 1:3239951/1‑71 (MQ=255) gAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTa > 1:3758070/1‑59 (MQ=255) gAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATccc > 1:2433181/1‑71 (MQ=255) | GCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGA‑TTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATCCC > W3110S.gb/641876‑642014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |