| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 689,605 | A→G | 7.1% | intergenic (‑170/+160) | insH ← / ← lnt | IS5 transposase and trans‑activator/apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 689,605 | 0 | A | G | 7.1% | 148.7 / 3.7 | 56 | intergenic (‑170/+160) | insH/lnt | IS5 transposase and trans‑activator/apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/22); new base G (2/2); total (32/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
CCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCAAAGTTGGAT > W3110S.gb/689541‑689674 | ccATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGt < 1:3058849/71‑1 (MQ=255)ccATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATCCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGt < 1:1680817/71‑1 (MQ=255) aTTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTg < 1:4575415/71‑1 (MQ=255) ttCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTa < 1:4301892/65‑1 (MQ=255) cGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAGCTAGGTTGTACt > 1:2392508/1‑71 (MQ=255) cGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACt < 1:4131310/71‑1 (MQ=255) aGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGa > 1:667929/1‑70 (MQ=255) cAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGc > 1:1089168/1‑71 (MQ=255) aaaaTTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTa > 1:1911105/1‑63 (MQ=255) aaaTTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTg > 1:4527314/1‑71 (MQ=255) aaaTTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTg > 1:202839/1‑71 (MQ=255) aaaTTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTg > 1:4110841/1‑71 (MQ=255) aTTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGtt < 1:764058/71‑1 (MQ=255) ttCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTa > 1:493692/1‑59 (MQ=255) cTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGttt > 1:3875964/1‑69 (MQ=255) aaaTGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCa > 1:110772/1‑67 (MQ=255) tctTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAGCTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAggg < 1:1310885/62‑1 (MQ=255) tctTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAAc > 1:1318637/1‑36 (MQ=255) tctTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTg < 1:3939130/43‑1 (MQ=255) tctTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGc < 1:1102186/52‑1 (MQ=255) tctTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGc < 1:1438300/52‑1 (MQ=255) ctTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTa > 1:4425113/1‑44 (MQ=255) ctTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTg > 1:1804180/1‑70 (MQ=255) ctTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTg > 1:134629/1‑70 (MQ=255) ttttAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGt > 1:2255454/1‑39 (MQ=255) ttttAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGt > 1:2339852/1‑39 (MQ=255) ttttAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTa > 1:759533/1‑43 (MQ=255) ttttAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCt > 1:3060682/1‑67 (MQ=255) ttAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAGCTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGtat < 1:4077064/70‑1 (MQ=255) ttAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGtat > 1:3765461/1‑70 (MQ=255) ttAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGtat > 1:123475/1‑70 (MQ=255) tAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGtata < 1:523338/70‑1 (MQ=255) aGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGt > 1:1161458/1‑49 (MQ=255) gTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGttt < 1:3133171/50‑1 (MQ=255) gTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGttt < 1:3478241/50‑1 (MQ=255) tGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGttt < 1:1158608/49‑1 (MQ=255) ccGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGt < 1:2404626/42‑1 (MQ=255) ccGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGc < 1:4360006/69‑1 (MQ=255) ccGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGc < 1:1608302/69‑1 (MQ=255) cGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGcc < 1:3093212/54‑1 (MQ=255) cGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGcc < 1:2566984/54‑1 (MQ=255) gCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGAt > 1:547028/1‑35 (MQ=255) gCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCtt > 1:3760023/1‑55 (MQ=255) gCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCaa > 1:1187140/1‑69 (MQ=255) cTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCaa > 1:2085303/1‑68 (MQ=255) gATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCa > 1:2853369/1‑40 (MQ=255) aTTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAAc < 1:2580643/57‑1 (MQ=255) ttACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGAtgt > 1:4481680/1‑70 (MQ=255) gtggtgCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACaa > 1:479529/1‑53 (MQ=255) gtggtgCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCa > 1:4105795/1‑69 (MQ=255) tggtgCAGCTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCAAAg > 1:882611/1‑71 (MQ=255) tggtgCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCAAAg > 1:296506/1‑71 (MQ=255) tggtgCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCAAAg > 1:3993070/1‑71 (MQ=255) tggtgCAACTAGGTTGTACTGATCCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCAAAg < 1:3152212/71‑1 (MQ=255) tgCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATa < 1:1398942/56‑1 (MQ=255) tgCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCAAAGTTg < 1:2942240/71‑1 (MQ=255) aaCTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCAAAGTTGGAt < 1:4568912/71‑1 (MQ=255) aCTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCaa < 1:4599270/62‑1 (MQ=255) aCTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCaa < 1:3310801/62‑1 (MQ=255) | CCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTACTGATGCTGTTTCAGGGTTTGCCTTGTATAACAAAGCAATAGATGTGCCAAAGTTGGAT > W3110S.gb/689541‑689674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |