| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 897,644 | T→G | 8.2% | W47G (TGG→GGG) | potI → | putrescine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 897,644 | 0 | T | G | 8.2% | 106.4 / 6.0 | 49 | W47G (TGG→GGG) | potI | putrescine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/32); new base G (2/2); total (15/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
TGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGA > W3110S.gb/897585‑897713 | tgctgatgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAAcgc < 1:3955221/69‑1 (MQ=255) gctgatgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCt > 1:1163088/1‑59 (MQ=255) gctgatgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCt > 1:3767555/1‑71 (MQ=255) ctgatgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCAACGCGCTg > 1:3071383/1‑71 (MQ=255) atgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTgg < 1:1742488/69‑1 (MQ=255) atgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTgg < 1:784102/69‑1 (MQ=255) ggTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGt > 1:2595538/1‑70 (MQ=255) gTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGt < 1:3682672/69‑1 (MQ=255) aTCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAAcgc < 1:1033400/55‑1 (MQ=255) aTCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAAcgc < 1:827951/55‑1 (MQ=255) aTCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGt < 1:3318296/70‑1 (MQ=255) aTCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGt < 1:3092996/70‑1 (MQ=255) tCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTgg > 1:1087772/1‑59 (MQ=255) aTTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTc < 1:3437504/46‑1 (MQ=255) ttCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTc < 1:2344862/45‑1 (MQ=255) tCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTa > 1:3204084/1‑56 (MQ=255) tCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTa < 1:234203/66‑1 (MQ=255) tCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTgcg > 1:4270472/1‑71 (MQ=255) cGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTgg < 1:805763/41‑1 (MQ=255) cGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCaa > 1:4022335/1‑45 (MQ=255) cGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTa > 1:1697210/1‑65 (MQ=255) cGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTacgc > 1:1717416/1‑71 (MQ=255) gTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTgcgc < 1:4038003/70‑1 (MQ=255) gTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTgcgc < 1:3812162/70‑1 (MQ=255) gTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTgcgc < 1:1047077/70‑1 (MQ=255) tttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTgg < 1:3939907/51‑1 (MQ=255) cAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgatgacg > 1:909187/1‑71 (MQ=255) tCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgatgacgcgat > 1:599472/1‑71 (MQ=255) gAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgatgacgcgatg < 1:101288/70‑1 (MQ=255) gAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgatgacgcgat < 1:3410962/69‑1 (MQ=255) gAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgatgacgcgat < 1:1012468/69‑1 (MQ=255) aaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGt < 1:4622147/49‑1 (MQ=255) aaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCgatgat < 1:685340/71‑1 (MQ=255) aaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCgatgat < 1:2393648/71‑1 (MQ=255) aaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCgatgat < 1:2368473/71‑1 (MQ=255) gCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCAACGCGCTGGTAt < 1:3797599/40‑1 (MQ=255) cTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGt < 1:1308515/42‑1 (MQ=255) cTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAg > 1:2278516/1‑71 (MQ=255) tGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGatgatg < 1:2739452/68‑1 (MQ=255) ggTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTa > 1:3063847/1‑46 (MQ=255) gTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTTAGTTATTGcgcgatgacgcgatga < 1:674951/64‑1 (MQ=255) gTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGatgatg < 1:679286/66‑1 (MQ=255) tGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTa < 1:3281133/44‑1 (MQ=255) tGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTa < 1:3909871/44‑1 (MQ=255) aCGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGCTGAGTTATTGcgcgatgacgcga < 1:4532546/58‑1 (MQ=255) cGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTa < 1:3140395/41‑1 (MQ=255) ggTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCggttg > 1:880847/1‑71 (MQ=255) gtgGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTa > 1:3938045/1‑37 (MQ=255) tgGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGttt < 1:1679110/71‑1 (MQ=255) ggCCGGCGGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTaa < 1:2490476/71‑1 (MQ=255) tGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGa > 1:2224286/1‑70 (MQ=255) | TGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGA > W3110S.gb/897585‑897713 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |