| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 923,181 | C→T | 12.5% | intergenic (‑169/‑154) | cspD ← / → clpS | cold shock protein homolog/regulatory protein for ClpA substrate specificity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 923,181 | 0 | C | T | 12.5% | 218.3 / 19.2 | 80 | intergenic (‑169/‑154) | cspD/clpS | cold shock protein homolog/regulatory protein for ClpA substrate specificity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/39); new base T (7/3); total (38/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GAGAATTAGGGCGAGCCGTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGCAGTTAACGCTATTGACAGGAATGTGACAGATGTCGCTGATGCCAACGATAGATGATAGTTA > W3110S.gb/923113‑923242 | gagaATTAGGGCGAGCCGTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGCAg < 1:1620880/71‑1 (MQ=255) gaATTAGGGCGAGCCGTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGCAGtt < 1:1219831/71‑1 (MQ=255) gaATTAGGGCGAGCCGTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGCAGtt < 1:865346/71‑1 (MQ=255) ttAGGGCGAGCCGTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGCAGTTAAc < 1:3569960/71‑1 (MQ=255) aGCCGTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGCAGTTAACGCTATTGa > 1:3431847/1‑71 (MQ=255) aGCCGTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGCAGTTAACGCTATTGa < 1:2182985/71‑1 (MQ=255) ccGTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGTAGTTAACGCTATTGa > 1:4139358/1‑69 (MQ=255) gTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGTAGTTAACGCTATTGACAg > 1:4281601/1‑70 (MQ=255) 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aaTTTGAAGCAGTTAACGCTATTGACAGGAATGTGACAGATGTCGCTGATGCCAACGATAGATGATAGTta > 1:695802/1‑71 (MQ=255) tGAAGCAGTTAACGCTATTGACAGGAATGTGACAGATGTCGCTGa > 1:4438046/1‑45 (MQ=255) gAAGCAGTTAACGCTATTGACAGGAATGTGACAGATGTCGCt < 1:753257/42‑1 (MQ=255) | GAGAATTAGGGCGAGCCGTCAAGCATTTGACAGGGGACAAGGGGCAGGTATGAATCAAAAATTTGAAGCAGTTAACGCTATTGACAGGAATGTGACAGATGTCGCTGATGCCAACGATAGATGATAGTTA > W3110S.gb/923113‑923242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |