| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,224,639 | A→G | 8.9% | intergenic (‑143/‑403) | ymgG ← / → ymgH | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,224,639 | 0 | A | G | 8.9% | 145.0 / 6.5 | 56 | intergenic (‑143/‑403) | ymgG/ymgH | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/26); new base G (3/2); total (28/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
TGTCCGGTATTAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTT > W3110S.gb/1224572‑1224701 | tGTCCGGTATTAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAAcgc < 1:4335047/71‑1 (MQ=255) gTCCGGTATTAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAAcgct > 1:959308/1‑71 (MQ=255) ttAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtatta > 1:2429494/1‑71 (MQ=255) aagtaagtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTattatt > 1:62586/1‑71 (MQ=255) agtaagtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAGCGCTCGCTattatt > 1:582657/1‑70 (MQ=255) agtaagtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCta < 1:4177165/65‑1 (MQ=255) taagtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTattatt > 1:3123403/1‑68 (MQ=255) aagtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtat > 1:4167462/1‑63 (MQ=255) agtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCa > 1:445126/1‑68 (MQ=255) agtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGa < 1:2345164/70‑1 (MQ=255) gtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATa < 1:4454799/71‑1 (MQ=255) tGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAAt > 1:393641/1‑71 (MQ=255) cacacaATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:2305626/71‑1 (MQ=255) cacaATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAAt < 1:3914241/65‑1 (MQ=255) acaATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAAt < 1:3287953/71‑1 (MQ=255) acaATAATTTAGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGaa > 1:4095051/1‑42 (MQ=255) caATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtat < 1:3409505/51‑1 (MQ=255) aatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGaa > 1:2818082/1‑37 (MQ=255) aatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGaa > 1:1408044/1‑37 (MQ=255) atTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAGCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGt > 1:4062525/1‑71 (MQ=255) atTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAAcgctc > 1:4332920/1‑41 (MQ=255) ttCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtatta > 1:2379301/1‑46 (MQ=255) tCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtat > 1:1065203/1‑43 (MQ=255) tCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTgg < 1:1388373/70‑1 (MQ=255) tCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTgg < 1:3108660/70‑1 (MQ=255) tCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCtgt < 1:884490/71‑1 (MQ=255) tCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCtgt < 1:2036289/71‑1 (MQ=255) cTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGc < 1:421688/67‑1 (MQ=255) cTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCtgt > 1:3728130/1‑70 (MQ=255) cTTCAATTAACATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCtgt > 1:4224596/1‑70 (MQ=255) ttCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAAcgctcgc < 1:2499913/35‑1 (MQ=255) tCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAGCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:2855533/53‑1 (MQ=255) cAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTattatt > 1:4102328/1‑40 (MQ=255) cAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTattatt > 1:2089727/1‑40 (MQ=255) cAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGc > 1:1338982/1‑59 (MQ=255) cAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGtgat > 1:4306864/1‑70 (MQ=255) cAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGtgat < 1:3872274/70‑1 (MQ=255) cAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGtgat > 1:4368290/1‑70 (MQ=255) aaTTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCa < 1:2774649/50‑1 (MQ=255) ttAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAAt < 1:3807442/52‑1 (MQ=255) ttAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAAt < 1:3675839/52‑1 (MQ=255) ttAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAAt < 1:4574485/52‑1 (MQ=255) tAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAg > 1:1935772/1‑39 (MQ=255) aaGATCTGCTTAACTAAAGAGCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAg > 1:3171646/1‑70 (MQ=255) aaGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaaa > 1:1135277/1‑48 (MQ=255) aaGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCa > 1:3874362/1‑46 (MQ=255) aaGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAg > 1:4279786/1‑70 (MQ=255) aaGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAg > 1:3447639/1‑70 (MQ=255) aGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAgg < 1:2819185/70‑1 (MQ=255) aGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAgg > 1:1480149/1‑70 (MQ=255) gATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAAt < 1:1874413/48‑1 (MQ=255) cTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:2790247/42‑1 (MQ=255) cTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa > 1:4289194/1‑71 (MQ=255) cTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa > 1:2046220/1‑71 (MQ=255) cTTAACTAAAGAGCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAAtt < 1:2781703/67‑1 (MQ=255) aaCTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtt < 1:4504536/69‑1 (MQ=255) aCTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt < 1:210244/71‑1 (MQ=255) aCTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt < 1:845611/71‑1 (MQ=255) aCTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGttttt < 1:1344541/71‑1 (MQ=255) | TGTCCGGTATTAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTT > W3110S.gb/1224572‑1224701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |