| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,303,631 | C→T | 100% | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0% | 169.5 / NA | 58 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (29/29); total (29/29) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGA > W3110S.gb/1303570‑1303692 | cgaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt < 1:2404984/71‑1 (MQ=255)cgaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt < 1:4263134/71‑1 (MQ=255)cgaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt < 1:4187154/71‑1 (MQ=255) gaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:1472899/71‑1 (MQ=255) aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:2893083/71‑1 (MQ=255) aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:3733261/1‑71 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:2636362/1‑68 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa < 1:3995821/70‑1 (MQ=255) ttCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt > 1:88677/1‑71 (MQ=255) tGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt > 1:2523943/1‑71 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCt < 1:2857269/69‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGATCAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc < 1:4206876/70‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:776315/71‑1 (MQ=255) gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa < 1:1759119/71‑1 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:725050/71‑1 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:3813091/71‑1 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:4509445/71‑1 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCt < 1:3408690/43‑1 (MQ=38) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:4375466/37‑1 (MQ=37) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa < 1:441314/49‑1 (MQ=39) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt > 1:423874/1‑50 (MQ=255) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt > 1:3530242/1‑50 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTTACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:1127982/1‑70 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:2514493/1‑41 (MQ=38) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:4232752/1‑41 (MQ=38) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt > 1:156449/1‑48 (MQ=39) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt > 1:546526/1‑53 (MQ=255) ggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt > 1:3412651/1‑44 (MQ=38) ggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAc > 1:237576/1‑71 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:3417561/1‑42 (MQ=38) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc < 1:3421885/71‑1 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc > 1:548573/1‑71 (MQ=255) gAACAACGCGAAAAACGTTATTAACTATTTAACCTATTTGCCTATTGATTCTGAAg > 1:3240209/1‑56 (MQ=255) aacaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:1900143/60‑1 (MQ=255) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:1910573/1‑53 (MQ=255) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:2749710/71‑1 (MQ=255) caacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCt < 1:3930594/71‑1 (MQ=255) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:2530001/1‑53 (MQ=255) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTAc > 1:1390207/1‑71 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:738872/1‑71 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg < 1:1392573/71‑1 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg < 1:44976/71‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:1859521/49‑1 (MQ=39) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTa < 1:543692/71‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAg > 1:1300540/1‑46 (MQ=39) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg > 1:1957955/1‑42 (MQ=38) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg > 1:744263/1‑42 (MQ=38) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgt > 1:765040/1‑71 (MQ=255) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:1790564/41‑1 (MQ=38) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg > 1:4021272/1‑71 (MQ=255) aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt > 1:438298/1‑51 (MQ=255) cGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtggt > 1:615980/1‑70 (MQ=255) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:3843092/45‑1 (MQ=38) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGa < 1:2268251/71‑1 (MQ=255) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGa < 1:1385756/71‑1 (MQ=255) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:3927963/62‑1 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa > 1:4490939/1‑35 (MQ=37) taACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtggt > 1:1915653/1‑64 (MQ=255) | CGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGA > W3110S.gb/1303570‑1303692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |