| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,557,824 | C→T | 7.0% | Q57Q (CAG→CAA) | bdm ← | biofilm‑dependent modulation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,557,824 | 0 | C | T | 7.0% | 267.6 / 7.6 | 86 | Q57Q (CAG→CAA) | bdm | biofilm‑dependent modulation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/31); new base T (2/4); total (50/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
TAGGTTGCCGATCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCATGAGAATGT > W3110S.gb/1557754‑1557891 | tAGGTTGCCGATCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGc > 1:1193629/1‑71 (MQ=255) gCCGATCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGTTa < 1:3916379/70‑1 (MQ=255) ccGATCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGTTGGTAGa < 1:869301/71‑1 (MQ=255) aTCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGatat < 1:2528619/71‑1 (MQ=255) aTCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGatat > 1:968733/1‑71 (MQ=255) aTCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGatat < 1:2714419/71‑1 (MQ=255) tCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGatat > 1:339461/1‑70 (MQ=255) tCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGatat > 1:1557693/1‑70 (MQ=255) cAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGa > 1:1974823/1‑66 (MQ=255) cAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATc > 1:903637/1‑70 (MQ=255) cAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCa > 1:758217/1‑71 (MQ=255) cAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCa > 1:846257/1‑71 (MQ=255) gCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTTGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTg < 1:90555/71‑1 (MQ=255) cATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGc > 1:1728772/1‑55 (MQ=255) aTAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAg > 1:2251054/1‑71 (MQ=255) tAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGat < 1:3522663/61‑1 (MQ=255) aGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTa < 1:3664488/57‑1 (MQ=255) gCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTa > 1:3280156/1‑56 (MQ=255) gCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCa > 1:2043113/1‑63 (MQ=255) gCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGAt > 1:2251613/1‑71 (MQ=255) ccatAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACt > 1:1225459/4‑62 (MQ=255) ccTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGTTGGTAGATATCa > 1:671177/1‑60 (MQ=255) ttAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCa > 1:787990/1‑58 (MQ=255) ttAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTg > 1:3493044/1‑61 (MQ=255) ttAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTg > 1:4417125/1‑61 (MQ=255) tAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTa > 1:1438350/1‑50 (MQ=255) tAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAgg > 1:1662658/1‑63 (MQ=255) aaaGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGa > 1:3579858/1‑60 (MQ=255) aaaGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTa > 1:4415843/1‑71 (MQ=255) aaGCGTAGTGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTAt < 1:2179271/71‑1 (MQ=255) aaGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTAt < 1:174432/71‑1 (MQ=255) gTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCa > 1:2516718/1‑51 (MQ=255) gTACGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGa < 1:2872458/71‑1 (MQ=255) gggTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGt > 1:3105240/1‑40 (MQ=255) ggTGCTGGCCACTGACCAGATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGtt < 1:1252462/61‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGa < 1:1810558/42‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCt > 1:2940593/1‑71 (MQ=255) ggTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGATGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCt > 1:907730/1‑71 (MQ=255) gTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGa > 1:2357226/1‑41 (MQ=255) gTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTg < 1:915168/49‑1 (MQ=255) gTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTg < 1:3414059/49‑1 (MQ=255) gTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTG‑TTGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTc < 1:4129607/71‑1 (MQ=255) tGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGTTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCtt > 1:2467378/1‑70 (MQ=255) tGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGTTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTc < 1:1981369/71‑1 (MQ=255) tGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTa < 1:298073/38‑1 (MQ=255) tGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGaa < 1:2539838/66‑1 (MQ=255) tGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTc < 1:1004297/71‑1 (MQ=255) tGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTc < 1:1565592/71‑1 (MQ=255) tGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTc < 1:3180764/71‑1 (MQ=255) gCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTa > 1:2566562/1‑37 (MQ=255) cTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGa > 1:845900/1‑38 (MQ=255) tGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGat < 1:281858/38‑1 (MQ=255) ccACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCa > 1:1407171/1‑71 (MQ=255) ccACTGACCACATAATTAATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAAccc < 1:1164111/70‑1 (MQ=255) cACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGtt < 1:3649310/52‑1 (MQ=255) cTGATCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAg < 1:3330216/41‑1 (MQ=255) tGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGa > 1:3206392/1‑42 (MQ=255) tGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCa < 1:2176412/53‑1 (MQ=255) tGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCa > 1:250330/1‑67 (MQ=255) tGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCa > 1:4412369/1‑67 (MQ=255) gACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTg > 1:32389/1‑37 (MQ=255) gACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCa > 1:819761/1‑61 (MQ=255) gACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTgg > 1:548587/1‑71 (MQ=255) aCCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTAt > 1:787238/1‑49 (MQ=255) ccACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCa > 1:479999/1‑50 (MQ=255) ccACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCa > 1:1243106/1‑50 (MQ=255) ccACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTc < 1:442428/71‑1 (MQ=255) cacaTAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGa < 1:1622171/35‑1 (MQ=255) cacaTAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTa < 1:4416200/46‑1 (MQ=255) cacaTAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGt > 1:1448537/1‑69 (MQ=255) cacaTAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGt > 1:1977395/1‑69 (MQ=255) caTAATTGATCGTTTGTTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGa < 1:992898/49‑1 (MQ=255) caTAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGc > 1:2655609/1‑71 (MQ=255) caTAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGc > 1:1037071/1‑71 (MQ=255) tAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCa > 1:1769357/1‑45 (MQ=255) tAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTc > 1:4515927/1‑71 (MQ=255) aaTTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCt > 1:228661/1‑69 (MQ=255) aTTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCa > 1:441151/1‑71 (MQ=255) tGATCGTTTGCTTGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCAt < 1:1896071/70‑1 (MQ=255) gATCGTTTGTTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCAt < 1:1813834/69‑1 (MQ=255) aTCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAAccc < 1:2744983/52‑1 (MQ=255) aTCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCATgag < 1:1859740/71‑1 (MQ=255) aTCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCATga < 1:1629981/70‑1 (MQ=255) tCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCATgag > 1:4047035/1‑70 (MQ=255) tCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCATgag > 1:3447130/1‑70 (MQ=255) cGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCAt > 1:4473976/1‑52 (MQ=255) gTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCCTCAACCCATTTGGTCAGCTCCATGAGAAt < 1:539498/71‑1 (MQ=255) tGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCATGAGAATGt > 1:2285811/1‑70 (MQ=255) | TAGGTTGCCGATCAAGCATAGCACCTTAAAGCGTAGGGTGCTGGCCACTGACCACATAATTGATCGTTTGCTGGTAGATATCACTGAGGATGTCGTTATCAGAAGCTTCAACCCATTTGGTCAGCTCCATGAGAATGT > W3110S.gb/1557754‑1557891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |