| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,639,860 | T→C | 18.7% | intergenic (‑37/+309) | ynfN ← / ← cspI | hypothetical protein/cold shock protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,639,860 | 0 | T | C | 18.7% | 103.3 / 18.9 | 48 | intergenic (‑37/+309) | ynfN/cspI | hypothetical protein/cold shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/16); new base C (4/5); total (27/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
TGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCG > W3110S.gb/1639792‑1639927 | tgtgtTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCActgc < 1:1376906/71‑1 (MQ=255)tgtgtTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCAccgc < 1:2458265/71‑1 (MQ=255) ttttttCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGt > 1:2034076/1‑71 (MQ=255) tGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaa < 1:4499631/70‑1 (MQ=255) ggATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaaa < 1:1309357/70‑1 (MQ=255) ggATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaaa < 1:168447/70‑1 (MQ=255) atatTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAAc < 1:3203831/71‑1 (MQ=255) atTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTa > 1:2447586/1‑71 (MQ=255) ttCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCATCGCTGGTTCAGAGTTaaaaa < 1:859938/65‑1 (MQ=255) ttCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTa < 1:2747373/70‑1 (MQ=255) tCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTaaaaa < 1:4430283/64‑1 (MQ=255) gCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAttt < 1:2291989/71‑1 (MQ=255) atgatgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCaga > 1:3725129/1‑50 (MQ=255) atgatgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAttttt < 1:2494837/71‑1 (MQ=255) tgatgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTaaaaa < 1:4309726/57‑1 (MQ=255) atgCTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACCTCTGGTTCAGAGTTaaaaaaa > 1:4353609/1‑57 (MQ=255) ggTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCat > 1:4386837/1‑71 (MQ=255) tAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGt > 1:2727305/1‑71 (MQ=255) aaCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGt > 1:2517277/1‑70 (MQ=255) aaCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGt > 1:766215/1‑70 (MQ=255) ccAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaaaaa > 1:3804748/1‑45 (MQ=255) ccAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCg > 1:886485/1‑71 (MQ=255) ccACTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCg > 1:4339953/1‑71 (MQ=255) cAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATg > 1:916423/1‑49 (MQ=255) cAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATg > 1:4021924/1‑49 (MQ=255) cAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCg < 1:475708/70‑1 (MQ=255) gTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaaa < 1:2925784/40‑1 (MQ=255) tCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaa > 1:3754511/1‑37 (MQ=255) tCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCatgat < 1:1079300/60‑1 (MQ=255) tCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtag > 1:2778569/1‑70 (MQ=255) cATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAtttttt > 1:4559680/1‑52 (MQ=255) cATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTa > 1:4059512/1‑63 (MQ=255) cATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTa > 1:1511597/1‑63 (MQ=255) aTCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaaaaa > 1:4539470/1‑39 (MQ=255) aTCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtagta < 1:3776196/70‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAt > 1:3469528/1‑71 (MQ=255) tCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAttttt < 1:2321700/49‑1 (MQ=255) tCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtg < 1:3504190/71‑1 (MQ=255) cGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtgt > 1:2480321/1‑71 (MQ=255) gCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtgtg < 1:411691/71‑1 (MQ=255) gCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAg < 1:443233/69‑1 (MQ=255) gCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTa < 1:1513429/71‑1 (MQ=255) aCTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATc < 1:1979812/71‑1 (MQ=255) cTACCACTTCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATc > 1:2836813/1‑70 (MQ=255) tACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCat < 1:741826/44‑1 (MQ=255) aCCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTc > 1:2926979/1‑41 (MQ=255) aCCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtagt > 1:808878/1‑57 (MQ=255) ccACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTAc > 1:2947009/1‑50 (MQ=255) cACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCg > 1:1735907/1‑51 (MQ=255) aCTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCg > 1:3025519/1‑70 (MQ=255) ctgctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAttttttt < 1:2940017/36‑1 (MQ=255) ctgctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtgt < 1:1595691/57‑1 (MQ=255) | TGTGTTTTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCG > W3110S.gb/1639792‑1639927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |