| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 48 (1.360) | 839 (23.800) | 48/108 | NT | 95.4% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 32 (0.910) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 985 total aligned reads displayed.
TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809329‑2809467 | atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg > 1:1161440‑M2/70‑71 (MQ=255)atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg > 1:729470‑M2/70‑71 (MQ=255) cgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGc > 1:74813‑M2/68‑71 (MQ=255) cgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGc > 1:1678864‑M2/68‑71 (MQ=255) aacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTg < 1:968433‑M2/6‑1 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:396654‑M2/7‑1 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:2600167‑M2/7‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:213069‑M2/11‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:1691140‑M2/11‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:1623800‑M2/11‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:3085633‑M2/11‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:2823709‑M2/11‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:2858062‑M2/11‑1 (MQ=255) tcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:2882597‑M2/12‑1 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:522367‑M2/58‑70 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:2798837‑M2/14‑1 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:333960‑M2/58‑71 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:939000‑M2/58‑71 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:1982327‑M2/58‑71 (MQ=255) tgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:1510265‑M2/15‑1 (MQ=255) gcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:2483979‑M2/7‑1 (MQ=255) gcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:1054312‑M2/56‑65 (MQ=255) gcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:2092302‑M2/56‑65 (MQ=255) cagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:2561603‑M2/55‑67 (MQ=255) cagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:3154428‑M2/55‑67 (MQ=255) cagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa < 1:2445693‑M2/16‑1 (MQ=255) cagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAg > 1:3271892‑M2/55‑71 (MQ=255) cagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAg < 1:2168766‑M2/17‑1 (MQ=255) tCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGCAATTAATGAGGt < 1:3004183/71‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:1782841‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:3057855‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:291679‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:147760‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:154011‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:3105893‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:1369575‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:2359864‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:1238535‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:173069‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:839910‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:766996‑M2/19‑1 (MQ=255) gtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:2062709‑M2/19‑1 (MQ=255) tcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:1561933‑M2/7‑1 (MQ=255) tcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt > 1:2938205‑M2/52‑70 (MQ=255) aTTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTc < 1:3172779/70‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGaaa > 1:2388934‑M2/50‑58 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:877044‑M2/50‑63 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:546629‑M2/50‑70 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:295713‑M2/50‑70 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt < 1:2254439‑M2/22‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt < 1:627146‑M2/22‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt < 1:1423544‑M2/22‑1 (MQ=255) caattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaac > 1:360387‑M2/46‑46 (MQ=255) caattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaac > 1:2680773‑M2/46‑46 (MQ=255) caattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAcc > 1:1297018‑M2/46‑70 (MQ=255) attcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:121595‑M2/12‑1 (MQ=255) attcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:1002183‑M2/12‑1 (MQ=255) attcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa > 1:1385234‑M2/44‑70 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:1881344‑M2/21‑1 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:1958164‑M2/41‑71 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:1758193‑M2/41‑71 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:906654‑M2/41‑71 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:2530973‑M2/41‑71 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:1839214‑M2/41‑71 (MQ=255) cggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:2663558‑M2/33‑1 (MQ=255) cggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCAAACCCAAATGGa < 1:2769407‑M2/33‑1 (MQ=255) cggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAg < 1:1822336‑M2/36‑1 (MQ=255) gaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:3306186‑M2/14‑1 (MQ=255) gattgagtaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:1315877‑M2/33‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:683131‑M2/29‑49 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1113494‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2288838‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:456904‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2038400‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:3025546‑M2/29‑70 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3124398‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2200921‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1746132‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGATCGtt > 1:794235‑M2/29‑70 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:571726‑M2/42‑1 (MQ=255) aaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa < 1:2641317‑M2/50‑1 (MQ=255) aaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa < 1:2738747‑M2/50‑1 (MQ=255) aaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa < 1:592221‑M2/50‑1 (MQ=255) aggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTCCGCCCa < 1:428993‑M2/50‑1 (MQ=255) aggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAt < 1:1910686‑M2/51‑1 (MQ=255) aggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAt > 1:297428‑M2/21‑71 (MQ=255) ggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAtt > 1:1449026‑M2/20‑71 (MQ=255) gtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGt < 1:241611‑M2/37‑1 (MQ=255) tttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:494644‑M2/42‑1 (MQ=255) tttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3201673‑M2/42‑1 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:1933736‑M2/17‑71 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:103468‑M2/17‑71 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:2011998‑M2/17‑71 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:1263735‑M2/17‑71 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:714107‑M2/57‑1 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:2710412‑M2/57‑1 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:222941‑M2/7‑70 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:1597458‑M2/7‑70 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:654295‑M2/57‑1 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa > 1:2318095‑M2/3‑61 (MQ=255) | TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809329‑2809467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |