| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,815,914 | T→C | 37.5% | N702D (AAT→GAT) | spoT ← | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,815,914 | 0 | T | C | 37.5% | 51.7 / 66.6 | 64 | N702D (AAT→GAT) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/15); new base C (9/15); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGCCTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGATATTCGC > W3110S.gb/3815855‑3815974 | ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATATAACATTAAtttcggtttcg < 1:2199927/69‑1 (MQ=255)ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtttcggtttcg < 1:2109456/69‑1 (MQ=255)ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtttcggtttcg < 1:1482468/69‑1 (MQ=255)ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtttcggtttcg < 1:2430371/69‑1 (MQ=255)ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtttcggtttcg < 1:981104/69‑1 (MQ=255)ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtttcggtttcg < 1:2369824/69‑1 (MQ=255)ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGCTCATAAAACATTAAtttcggtttcg < 1:741278/69‑1 (MQ=255) cTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtttcggtttcg < 1:3280957/65‑1 (MQ=255) tCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtctcggttt > 1:1542198/1‑51 (MQ=255) 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aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:252336/1‑58 (MQ=255) aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:2852776/1‑58 (MQ=255) aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:2483250/1‑58 (MQ=255) aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:3017794/1‑58 (MQ=255) aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:3025963/1‑58 (MQ=255) aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:1688061/1‑58 (MQ=255) aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:1677804/1‑58 (MQ=255) aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:3058091/1‑58 (MQ=255) aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:1519470/1‑58 (MQ=255) aaTTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGat > 1:1067408/1‑58 (MQ=255) | CCGCCTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGATATTCGC > W3110S.gb/3815855‑3815974 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |