| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 85,966 | T→C | 12.8% | F113L (TTT→CTT) | ilvI → | acetolactate synthase III, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 85,966 | 0 | T | C | 12.8% | 184.2 / 15.9 | 70 | F113L (TTT→CTT) | ilvI | acetolactate synthase III, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/44); new base C (7/2); total (24/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.05e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGTTAAGCA > W3110S.gb/85903‑86030 | gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAgg < 1:913649/70‑1 (MQ=255)gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAgg < 1:3255246/70‑1 (MQ=255)gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAgg < 1:1737774/70‑1 (MQ=255)gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAgg < 1:625531/70‑1 (MQ=255)gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAgg < 1:72889/70‑1 (MQ=255)gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAgg < 1:2814638/70‑1 (MQ=255)gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAgg < 1:821923/70‑1 (MQ=255)gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAgg < 1:89170/70‑1 (MQ=255)gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACCATGCCTTTCAgg < 1:3321662/70‑1 (MQ=255)gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGAACTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAgg < 1:1648581/70‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:2550557/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:2325377/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:3186655/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:2041541/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:320887/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:2013185/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:3318302/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:1971479/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:3329491/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:460628/60‑1 (MQ=255) ttccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:1544256/60‑1 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTc < 1:2554511/58‑1 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAg > 1:3219145/1‑60 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAg > 1:368989/1‑60 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAg > 1:3039202/1‑60 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAg > 1:299857/1‑60 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAg > 1:587714/1‑60 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAg > 1:2675175/1‑60 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAg > 1:2522751/1‑60 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAg > 1:1177423/1‑60 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCAGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAg > 1:1088662/1‑60 (MQ=255) 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ggCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCg < 1:1594714/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCg < 1:72242/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCg < 1:1599324/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCg < 1:2118338/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCg < 1:2741638/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCg < 1:2319639/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCg < 1:3055743/71‑1 (MQ=255) ccTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAacac < 1:2568516/71‑1 (MQ=255) ccTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAacac < 1:3224703/71‑1 (MQ=255) ccTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAacac < 1:3317773/71‑1 (MQ=255) ccTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAacac < 1:1827305/71‑1 (MQ=255) ccTCGTTGATAGGTTACGATACCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAacac < 1:1778448/71‑1 (MQ=255) gATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGa > 1:3336083/1‑49 (MQ=255) gATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTc > 1:3119362/1‑71 (MQ=255) gATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTc > 1:2496344/1‑71 (MQ=255) gATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTc > 1:2443073/1‑71 (MQ=255) gATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTc > 1:430546/1‑71 (MQ=255) gATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTc > 1:1777547/1‑71 (MQ=255) gATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTc > 1:1965531/1‑71 (MQ=255) gATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTc > 1:3066877/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |