| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,295,565 | T→C | 42.9% | F154F (TTT→TTC) | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,295,565 | 0 | T | C | 42.9% | 17.8 / 59.8 | 49 | F154F (TTT→TTC) | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/13); new base C (8/13); total (23/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGC > W3110S.gb/4295499‑4295627 | gATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATc < 1:2845637/71‑1 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCTGTCTTATCTTCCATCCACCgc > 1:2529614/1‑71 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgc > 1:1009521/1‑71 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgc > 1:321464/1‑71 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgc > 1:2554178/1‑71 (MQ=255) tCCACCAGCAATCGAAGGCAGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgc > 1:1683928/1‑71 (MQ=255) ccaccaGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgc < 1:2569755/70‑1 (MQ=255) ccaccaGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgc < 1:1614002/70‑1 (MQ=255) ccaccaGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgc < 1:2311738/70‑1 (MQ=255) caccaGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgc < 1:320250/69‑1 (MQ=255) gCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTa < 1:2978740/71‑1 (MQ=255) gCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTa < 1:1653902/71‑1 (MQ=255) aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCttt < 1:560140/67‑1 (MQ=255) aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCttt < 1:473990/67‑1 (MQ=255) aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCttt < 1:3295763/67‑1 (MQ=255) aTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCttt < 1:2240349/67‑1 (MQ=255) gAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTgg > 1:280916/1‑71 (MQ=255) cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTTCTTTACCTTgg > 1:447195/1‑57 (MQ=255) cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTgg > 1:1776679/1‑57 (MQ=255) cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTgg > 1:31483/1‑57 (MQ=255) cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTgg > 1:3013841/1‑57 (MQ=255) cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTgg > 1:138533/1‑57 (MQ=255) cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTgg > 1:3191969/1‑57 (MQ=255) cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTgg > 1:669813/1‑57 (MQ=255) cAAACCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCATTa > 1:3319031/1‑51 (MQ=39) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGt < 1:2327093/70‑1 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGt < 1:122336/70‑1 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGt < 1:586918/70‑1 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGt < 1:3171148/70‑1 (MQ=255) aTGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgc > 1:1293685/1‑71 (MQ=255) aTGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTCACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgc > 1:1515587/1‑71 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:766684/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:1925978/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:1292693/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:3101199/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:761506/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:2532357/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:2412070/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:2322400/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:1907884/71‑1 (MQ=255) cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAg < 1:2277869/71‑1 (MQ=255) ttATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCt < 1:1813927/67‑1 (MQ=255) ttATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGc > 1:78166/1‑70 (MQ=255) ttATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGc > 1:1535114/1‑70 (MQ=255) ttATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGc > 1:1166536/1‑70 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATg > 1:3074657/1‑45 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATg > 1:742341/1‑45 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATg > 1:1297226/1‑45 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACATTGGCTATGGCGGTTTGATg > 1:2035059/1‑45 (MQ=255) | GATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGC > W3110S.gb/4295499‑4295627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |