| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 614,426 | C→T | 18.4% | L349L (CTC→CTT) | entF → | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 614,426 | 0 | C | T | 18.4% | 110.3 / 17.9 | 49 | L349L (CTC→CTT) | entF | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/32); new base T (4/5); total (12/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTT > W3110S.gb/614363‑614468 | cGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAatat > 1:2075582/1‑69 (MQ=255)cGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATc > 1:872230/1‑70 (MQ=255)cGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATc > 1:734012/1‑70 (MQ=255)cGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATc > 1:744667/1‑70 (MQ=255)cGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATc > 1:2777258/1‑70 (MQ=255) gTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:2745327/70‑1 (MQ=255) gTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:202643/70‑1 (MQ=255) gTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:1940795/70‑1 (MQ=255) gTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:1973893/70‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCTATATCAAGGTATTTGAt < 1:311384/71‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGAt < 1:44298/71‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGAt < 1:408721/71‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGAt < 1:710425/71‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGAt < 1:1747505/71‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGAt < 1:2938390/71‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGAt < 1:3011562/71‑1 (MQ=255) gttaCAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAATGTATTTGATTAc < 1:1032527/68‑1 (MQ=255) gTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTAc < 1:2968910/71‑1 (MQ=255) gTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTAc < 1:3093148/71‑1 (MQ=255) gTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTAc < 1:595830/71‑1 (MQ=255) gTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTAc < 1:2612984/71‑1 (MQ=255) gTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTAc < 1:587405/71‑1 (MQ=255) gTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTAc < 1:786894/71‑1 (MQ=255) gTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTAc < 1:1433462/71‑1 (MQ=255) gTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTAc < 1:805947/71‑1 (MQ=255) ggCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGa > 1:3240646/1‑70 (MQ=255) ggCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:55144/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:1953980/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:1365408/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:3241096/71‑1 (MQ=255) gCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:2376555/70‑1 (MQ=255) gCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:2937022/70‑1 (MQ=255) gCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:95245/70‑1 (MQ=255) gTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:1132444/45‑1 (MQ=255) gTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:408708/45‑1 (MQ=255) gTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:2745647/45‑1 (MQ=255) gTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:1236809/45‑1 (MQ=255) gTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGtt > 1:1868830/1‑71 (MQ=255) gTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGtt > 1:1245440/1‑71 (MQ=255) gTGATGAACCGCCGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:2263859/45‑1 (MQ=255) tttGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:3034972/52‑1 (MQ=255) tttGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:2718936/52‑1 (MQ=255) tttGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:2454431/52‑1 (MQ=255) tttGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:1161596/52‑1 (MQ=255) tttGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTg < 1:978696/52‑1 (MQ=255) tGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGAt > 1:2669616/1‑52 (MQ=255) tGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGAt > 1:2244156/1‑52 (MQ=255) tGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGAt > 1:2009007/1‑52 (MQ=255) tGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGAt > 1:1634927/1‑52 (MQ=255) | CGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTT > W3110S.gb/614363‑614468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |