Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | W3110S.gb | 684,561 | A→G | 37.0% | L92L (TTA→CTA) | rihA ← | ribonucleoside hydrolase 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | W3110S.gb | 684,561 | 0 | A | G | 37.0% | 17.9 / 24.8 | 27 | L92L (TTA→CTA) | rihA | ribonucleoside hydrolase 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/2); new base G (6/4); total (21/6) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
AGCTCTACCGCCGTACAGTTTTGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACGCATT > W3110S.gb/684515‑684622 | aGCTCTACCGCCGTACAGTTTTGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTaa > 1:30621/1‑47 (MQ=255) aGCTCTACCGCCGTACAGTTTTGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTaa > 1:984773/1‑47 (MQ=255) aGCTCTACCGCCGTACAGTTTTGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTaa > 1:1215788/1‑47 (MQ=255) aGCTCTACCGCCGTACAGTTTTGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTaa > 1:2400175/1‑47 (MQ=255) aGCTCTACCGCCGTACAGTTTTGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTaa > 1:2325653/1‑47 (MQ=255) aGCTCTACCGCCGTACAGTTTTGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTaa > 1:1507445/1‑47 (MQ=255) aGCTCTACCGCCGTACAGTTTTGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTc > 1:1504918/1‑71 (MQ=255) ttGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGa > 1:818420/1‑71 (MQ=255) ttGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGa > 1:445242/1‑71 (MQ=255) ttGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGa > 1:362356/1‑71 (MQ=255) ttGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGa > 1:2191776/1‑71 (MQ=255) ttGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGa > 1:1458519/1‑71 (MQ=255) ttGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGa > 1:3221718/1‑71 (MQ=255) gCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGAt < 1:1569812/70‑1 (MQ=255) gCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGAt < 1:2155210/70‑1 (MQ=255) gCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGAt < 1:2199413/70‑1 (MQ=255) cGAATGTCGGTTCCGGTAGTGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGAt < 1:323592/64‑1 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTg > 1:352575/1‑43 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACg > 1:3182262/1‑70 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACg > 1:1452705/1‑70 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACg > 1:366013/1‑70 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACg > 1:1894326/1‑70 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACg > 1:526512/1‑70 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACg > 1:682781/1‑70 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACg > 1:684942/1‑70 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACg > 1:836101/1‑70 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACg > 1:1264186/1‑70 (MQ=255) tCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGACGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCAc > 1:1888454/1‑69 (MQ=255) ggTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAAc > 1:193382/1‑63 (MQ=255) ggTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAAc > 1:580258/1‑63 (MQ=255) ggTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAAc > 1:932454/1‑63 (MQ=255) gTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACGCAtt < 1:2349056/71‑1 (MQ=255) gTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACGCAtt < 1:3288395/71‑1 (MQ=255) | AGCTCTACCGCCGTACAGTTTTGCGGTGCGAATGTCGGTTCCGGTAATGCCGGGCCGTCGAGACCGCTTTCGCCGTGCACATTGTCCGCGATAATCAACTCACGCATT > W3110S.gb/684515‑684622 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |