| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,142,363 | C→T | 15.7% | G463R (GGG→AGG) | asmA ← | predicted assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,142,363 | 0 | C | T | 15.7% | 270.1 / 36.6 | 108 | G463R (GGG→AGG) | asmA | predicted assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/68); new base T (12/5); total (35/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATC > W3110S.gb/2142297‑2142432 | cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:962717/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:1806927/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:1641691/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:1964918/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:2055074/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:241834/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:2602134/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:2987708/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:1320589/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:3235706/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:3335517/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:1074074/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:447745/70‑1 (MQ=255)cAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTc < 1:548012/70‑1 (MQ=255) ttCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTc < 1:3013234/62‑1 (MQ=255) ttCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTc < 1:371116/62‑1 (MQ=255) ttCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTc < 1:1597663/62‑1 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCTCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:2169990/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:2489433/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:852051/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:2031642/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:691356/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:2223897/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:2494084/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:2861097/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:3130883/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:3190809/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTCCa > 1:1232449/1‑62 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:313711/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:2416662/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:1426718/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:1443703/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:3073282/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:1586080/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:3116108/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:2053669/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:323552/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:3285465/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:615966/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:1056077/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:1737571/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAATTCATCCCTTCCATGCGCgtgt > 1:231038/1‑71 (MQ=255) cacaTCACCGCCATTACGCTCTACC‑CTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTc > 1:1435982/1‑71 (MQ=255) aCCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTc > 1:1833089/1‑70 (MQ=255) aCCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCa > 1:3154025/1‑71 (MQ=255) ccGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCAt < 1:1101997/71‑1 (MQ=255) ccGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCAt < 1:2468834/71‑1 (MQ=255) ccGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCAt < 1:3117307/71‑1 (MQ=255) ccGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCAt < 1:3278948/71‑1 (MQ=255) agCCATTACTCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCTTTc < 1:242974/51‑1 (MQ=39) aCGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCTATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACAt > 1:1152187/1‑71 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:1291845/71‑1 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:487157/71‑1 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:2956275/71‑1 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:2753689/71‑1 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:1253476/71‑1 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:3211495/71‑1 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:9481/71‑1 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:1959114/71‑1 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:2450708/71‑1 (MQ=255) cGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:2289124/71‑1 (MQ=255) gCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTc < 1:677766/70‑1 (MQ=255) ttGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCAt < 1:2181025/51‑1 (MQ=255) tcatcTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACa > 1:2763315/1‑50 (MQ=255) tcatcTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACa > 1:685886/1‑50 (MQ=255) tcatcTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACa > 1:3018350/1‑50 (MQ=255) ctgGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCgg < 1:1392440/70‑1 (MQ=255) ctgGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCgg < 1:1962615/70‑1 (MQ=255) ctgGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCgg < 1:1064725/70‑1 (MQ=255) ctgGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCgg < 1:860998/70‑1 (MQ=255) ctgGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCgg < 1:2349771/70‑1 (MQ=255) gAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAAt < 1:53050/70‑1 (MQ=255) gAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAAt < 1:234633/70‑1 (MQ=255) gAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAAt < 1:689477/70‑1 (MQ=255) gAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAAt < 1:1602948/70‑1 (MQ=255) gAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAAt < 1:1406798/70‑1 (MQ=255) gAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAAt < 1:2748001/70‑1 (MQ=255) gAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAAt < 1:3041189/70‑1 (MQ=255) gAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAAt < 1:2925954/70‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCTCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCTGAATGc < 1:432357/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAAt < 1:1327232/69‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:1355309/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:1055543/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:2285218/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:923793/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:1076614/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:2768016/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:672806/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:1350895/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:20822/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:378886/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:1614528/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:2004011/71‑1 (MQ=255) aaGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGc < 1:1608311/71‑1 (MQ=255) ccTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATc < 1:3171984/71‑1 (MQ=255) ccTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATc < 1:2856608/71‑1 (MQ=255) ccTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATc < 1:1213821/71‑1 (MQ=255) ccTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATc < 1:2511555/71‑1 (MQ=255) ccTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATc < 1:948450/71‑1 (MQ=255) ccTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATc < 1:3213868/71‑1 (MQ=255) | CAGCGGCCTTCACATCACCGCCATTACGCTCTACCGCTTGCTGAATCATCTGCTGGAAGTTCATCCCTTCCATGCGCGTGTCGGTCATTTCGACATGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATC > W3110S.gb/2142297‑2142432 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |