| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,428,249 | A→G | 11.1% | I246T (ATT→ACT) | yfcI ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,428,249 | 0 | A | G | 11.1% | 354.5 / 29.1 | 126 | I246T (ATT→ACT) | yfcI | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/46); new base G (2/12); total (68/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.05e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CTCCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATAAATGCACGAA > W3110S.gb/2428179‑2428312 | ctcCTGAGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCaa > 1:2932820/1‑71 (MQ=255) aGCAATACGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGtc < 1:2990146/70‑1 (MQ=255) cGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGttt > 1:2702614/1‑71 (MQ=255) cGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGtt > 1:2453965/1‑70 (MQ=255) cGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGtt > 1:2653101/1‑70 (MQ=255) cGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGtt > 1:485912/1‑70 (MQ=255) cGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGtt > 1:2997294/1‑70 (MQ=255) cGCAGGGCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGtt > 1:1013495/1‑70 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCATCAGTGGTCATCAGTTTCTCCtt < 1:1181133/71‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCtt < 1:950148/71‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCtt < 1:1166895/71‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCtt < 1:865813/71‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCtt < 1:2254836/71‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCtt < 1:2447315/71‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCtt < 1:1439681/71‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCtt < 1:1532812/71‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCtt < 1:3211820/71‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCtt > 1:275455/1‑71 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCtt > 1:2034359/1‑71 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCtt > 1:3093778/1‑71 (MQ=255) gCTTCTTCGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCtt > 1:992456/1‑71 (MQ=255) cGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTtgt > 1:1266302/1‑71 (MQ=255) cGTGTTTGCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAGTGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTtgt > 1:1944107/1‑71 (MQ=255) gCCCTGCTTTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTgcg < 1:537835/70‑1 (MQ=255) gCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTTTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTgcg < 1:2302005/70‑1 (MQ=255) gCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTgcg < 1:1119930/70‑1 (MQ=255) gCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTgcg < 1:1036728/70‑1 (MQ=255) gCCCTGCATTGCGCCTTCTTCACGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTgcg < 1:2154142/70‑1 (MQ=255) 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aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:3039895/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:1011651/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:2395856/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:2083992/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:1934699/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:1841810/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:218616/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:1818809/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:2226346/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:1257356/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:1065489/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:2377922/70‑1 (MQ=255) aCGTAATCTGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATa < 1:2435272/70‑1 (MQ=255) tGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATAAATGCAc > 1:1196632/1‑69 (MQ=255) tGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATAAATGCACg > 1:852065/1‑70 (MQ=255) tGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATAAATGCACg > 1:1523752/1‑70 (MQ=255) tGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATAAATGCACg > 1:639797/1‑70 (MQ=255) tGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATAAATGCACg > 1:1954645/1‑70 (MQ=255) tGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATAAATGCACg > 1:1010755/1‑70 (MQ=255) tGTCAGCAATGGTCATCAGTTTCTCCTTTTCTTGTGGTGCGCGTTCCGCTATCTCACCAATAAATGCACg > 1:3303090/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |