| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,904,315 | A→G | 28.0% | intergenic (‑241/‑52) | ygcF ← / → ygcG | conserved hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,904,315 | 0 | A | G | 28.0% | 75.1 / 33.9 | 50 | intergenic (‑241/‑52) | ygcF/ygcG | conserved hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/4); new base G (10/4); total (42/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATACT > W3110S.gb/2904256‑2904383 | cATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATgcc < 1:1770624/71‑1 (MQ=255)cATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATgcc < 1:1128784/71‑1 (MQ=255) aaaTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTAcc < 1:1015971/56‑1 (MQ=255) aaaTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTAcc < 1:1699960/56‑1 (MQ=255) aaaTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTAcc < 1:2334719/56‑1 (MQ=255) aaaTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTAcc < 1:2799379/56‑1 (MQ=255) aTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:2031978/1‑56 (MQ=255) aTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:860137/1‑56 (MQ=255) aTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:1761328/1‑56 (MQ=255) aTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:2365722/1‑56 (MQ=255) aTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:550332/1‑56 (MQ=255) aTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:2837782/1‑56 (MQ=255) aTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:2842368/1‑56 (MQ=255) aTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:495652/1‑56 (MQ=255) aTTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:1071246/1‑56 (MQ=255) aTTATATTTATTCTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAGTTACCGa > 1:2976970/1‑56 (MQ=255) ttttCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGAt > 1:2102342/1‑71 (MQ=255) ttttCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGAt > 1:1885929/1‑71 (MQ=255) ttttCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGAt > 1:2606861/1‑71 (MQ=255) ttttCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGAt > 1:1175088/1‑71 (MQ=255) ttttCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGAt > 1:1524151/1‑71 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAattta > 1:383545/1‑45 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAattta > 1:3153595/1‑45 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAattta > 1:2166947/1‑45 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAattta > 1:1292417/1‑45 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAattta > 1:2356704/1‑45 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAattta > 1:279818/1‑45 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAattta > 1:1807880/1‑45 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAattta > 1:895328/1‑45 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTta > 1:2683138/1‑71 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTta > 1:3355133/1‑71 (MQ=255) tttAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTta > 1:3344483/1‑71 (MQ=255) tAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTtat < 1:2430433/70‑1 (MQ=255) tAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTtat < 1:342048/70‑1 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCt > 1:1647641/1‑67 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTAttt > 1:1339131/1‑71 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTAttt > 1:1672208/1‑71 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTAttt > 1:624690/1‑71 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTAttt > 1:1790019/1‑71 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTAtt > 1:1387982/1‑70 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTAtt > 1:1191859/1‑70 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTAtt > 1:2151626/1‑70 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTAtt > 1:1788579/1‑70 (MQ=255) aaTATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTAtt > 1:3325146/1‑70 (MQ=255) taAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATa > 1:45362/1‑71 (MQ=255) taAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATa > 1:101842/1‑71 (MQ=255) taAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATa > 1:3184239/1‑71 (MQ=255) taAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATa > 1:2879831/1‑71 (MQ=255) taAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATa > 1:2578985/1‑71 (MQ=255) taAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATa > 1:1901756/1‑71 (MQ=255) aaaTTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATACt < 1:3229554/71‑1 (MQ=255) aaaTTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATACt < 1:3117214/71‑1 (MQ=255) aaaTTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATACt < 1:1764738/71‑1 (MQ=255) aaaTTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATACt < 1:9551/71‑1 (MQ=255) aaTTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATACt < 1:150600/70‑1 (MQ=255) | CATTCACCAAAATTATATTTATTTTTTCTGTATTAGTTTTTAATGATAACGAATATAAAATTACCGATGCCGCCGTCAATTTATTTATCCAGATTTAATGAGAAATTTATAATGCGCTATTTCATACT > W3110S.gb/2904256‑2904383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |