Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA W3110S.gb 3,626,651 G→A 21.2% A287A (GCC→GCT pldB ← lysophospholipase L(2)

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,626,6510GA21.2% 66.0 / 12.3 33A287A (GCC→GCTpldBlysophospholipase L(2)
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (22/4);  new base A (5/2);  total (27/6)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TAAGCACCTTTAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCACGCGTTCC  >  W3110S.gb/3626601‑3626705
                                                  |                                                      
tAAGCACCTTTAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGTATGGCCCGCGGCGGTGCGGAg                                             >  1:3093128/1‑62 (MQ=255)
tAAGCACCTTTAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACaaa                                     >  1:2430131/1‑70 (MQ=255)
tAAGCACCTTTAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACaaa                                     >  1:1548012/1‑70 (MQ=255)
tAAGCACCTTTAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCACGCGGCGGTGCGGAGTTCACaaa                                     >  1:2744136/1‑70 (MQ=255)
tAAGCACCTTAAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGtt                                           >  1:2811200/1‑64 (MQ=255)
tAAGCACATTTAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCgcggag                                                     >  1:2831303/1‑52 (MQ=255)
          tAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTcatg                           >  1:1750004/1‑70 (MQ=255)
          tAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTcatg                           >  1:2337381/1‑70 (MQ=255)
          tAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTcatg                           >  1:208371/1‑70 (MQ=255)
          tAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTcatg                           >  1:3264298/1‑70 (MQ=255)
             ttACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTcatgcatg                       <  1:1287664/71‑1 (MQ=255)
             ttACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCAGCGGTGCGTAGTTCACAAAAACGGt                               <  1:1960952/63‑1 (MQ=255)
             ttACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCAGCGGTGCGTAGTTCACAAAAACGGt                               <  1:1137542/63‑1 (MQ=255)
               aCCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCAGCGGTGCGTAGTTCACAAAAACGGTcg                             >  1:3237583/1‑62 (MQ=255)
               aCCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCAGCGGTGCGTAGTTCACAAAAACGGTcg                             >  1:307009/1‑62 (MQ=255)
               aCCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCAGCGGTGCGTAGTTCACAAAAACGGTcg                             >  1:1324743/1‑62 (MQ=255)
               aCCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCAGCGGTGCGTAGTTCACAAAAACGGTcg                             >  1:55273/1‑62 (MQ=255)
               aCCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCAGCGGTGCGTAGTTCACAAAAACGGTc                              >  1:1343475/1‑62 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCcaccac         >  1:3293937/1‑70 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:1075162/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:2957928/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:286097/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:2852289/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:2430575/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:2144821/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:1805031/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:1559007/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:1355651/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:1205367/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:1105774/1‑71 (MQ=255)
                            ctcctTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCAcg        >  1:1069537/1‑71 (MQ=255)
                                   gACAGGATGGCCCTCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCACGCGTTcc  <  1:848306/70‑1 (MQ=255)
                                   gACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCACGCGTTcc  <  1:2879872/70‑1 (MQ=255)
                                   gACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCACGCGTTcc  <  1:503081/70‑1 (MQ=255)
                                                  |                                                      
TAAGCACCTTTAATTACCAACGGCCGTCCTCCTTCGACAGGATGGCCCGCGGCGGTGCGGAGTTCACAAAAACGGTCATGCATGCGGTTATCCACCACGCGTTCC  >  W3110S.gb/3626601‑3626705

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: