| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 65 (1.550) | 365 (8.700) | 66/100 | NT | 83.6% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 78 (1.860) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 562 total aligned reads displayed.
TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGT > W3110S.gb/713884‑714021 | aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaaaa > 1:1969304/1‑71 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaaaa > 1:357247/1‑71 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:767087/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:1544234‑M1/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:59714‑M1/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:3888016‑M1/1‑69 (MQ=255) aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:1733422‑M1/1‑69 (MQ=255) tCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcgg > 1:543879‑M1/1‑68 (MQ=255) tCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:25521‑M1/1‑68 (MQ=255) cGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggc > 1:3148119‑M1/1‑67 (MQ=255) gAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggct > 1:1510356‑M1/1‑66 (MQ=255) cacaTCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaa < 1:2164876‑M1/71‑9 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAGTTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:3636746‑M1/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:2682922/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcgtctgaaattaat > 1:2757108‑M1/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:371341‑M1/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:956898‑M1/71‑15 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:149409‑M1/71‑15 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:2199312‑M1/1‑57 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgaca < 1:3034716/70‑1 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgaca > 1:108835/1‑70 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATCGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgaca < 1:744856/70‑1 (MQ=255) aagCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgaca > 1:3733391/3‑70 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:2859365‑M1/71‑16 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaa < 1:1109179/70‑1 (MQ=255) cAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgag < 1:1376000‑M1/71‑18 (MQ=255) cAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgag > 1:2016749‑M1/1‑54 (MQ=255) gTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:1990433‑M1/71‑20 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt > 1:1425707‑M1/1‑51 (MQ=255) cGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatga > 1:2128542‑M1/1‑50 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaaggaca > 1:1713886/1‑69 (MQ=255) aTGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatga < 1:1883112‑M1/64‑17 (MQ=255) tGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGc < 1:4038547/71‑1 (MQ=255) tGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGc < 1:1609082/71‑1 (MQ=255) gCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:1145010/1‑46 (MQ=255) gCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacc > 1:3061893‑M1/1‑46 (MQ=255) gCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt > 1:1206897‑M1/1‑46 (MQ=255) cAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacc > 1:653201‑M1/1‑45 (MQ=255) cAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacc > 1:2453235‑M1/1‑45 (MQ=255) cAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaa > 1:1062277‑M1/1‑45 (MQ=255) tCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa > 1:1448895‑M1/1‑41 (MQ=255) tCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:2715698‑M1/1‑41 (MQ=255) tCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat > 1:1658344‑M1/1‑41 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:346430‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:413091‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:2619723‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:1680628‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa > 1:1401560‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:406658‑M1/1‑40 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:2940745‑M1/70‑32 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:1859739‑M1/70‑32 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCa < 1:897887/70‑1 (MQ=255) gcggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:233214‑M1/55‑20 (MQ=255) cggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:226290/1‑35 (MQ=255) gAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagtt < 1:1840034‑M1/71‑39 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg > 1:3543984‑M1/1‑31 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaag > 1:2903377/1‑47 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaag > 1:502977/1‑47 (MQ=255) attgattgAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaag > 1:715030/1‑47 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg < 1:2965360‑M1/70‑41 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:2819528‑M1/57‑28 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:2084988‑M1/37‑8 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:3297219‑M1/37‑8 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaattgatagttcgtt < 1:3861657‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:3335676‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:3399677‑M1/1‑28 (MQ=255) gatggaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggcggaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:3202349‑M1/70‑43 (MQ=255) attgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:1000912‑M1/54‑28 (MQ=255) attgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggt < 1:2583523‑M1/46‑20 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatagatcgg < 1:3902729‑M1/63‑38 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgag > 1:2007255‑M1/1‑24 (MQ=255) agaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc < 1:1306139‑M1/71‑49 (MQ=255) agaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgc < 1:850356‑M1/70‑48 (MQ=255) aaGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgccca < 1:1932623‑M1/71‑51 (MQ=255) aaGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:2356249‑M1/1‑21 (MQ=255) aaGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:3360655‑M1/63‑43 (MQ=255) aaGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCa < 1:2404022/52‑1 (MQ=255) aGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaa > 1:693900/1‑35 (MQ=255) ggTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatac > 1:1528747‑M1/1‑19 (MQ=255) ggTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatga > 1:3780532‑M1/1‑19 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaa > 1:457505‑M1/1‑16 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaa > 1:3011274‑M1/1‑16 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCaa > 1:3983081/1‑42 (MQ=255) gCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc < 1:1771655‑M1/62‑49 (MQ=255) ggAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGcac < 1:349503/71‑1 (MQ=255) aCTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatg < 1:2485246‑M1/70‑62 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:3818744‑M1/1‑8 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa > 1:3937390‑M1/1‑8 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgata > 1:1267948‑M1/1‑6 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:3615367‑M1/37‑32 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:2033512‑M1/37‑32 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaatgctaa > 1:3659806‑M1/1‑5 (MQ=255) tCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcc < 1:3517972‑M1/53‑49 (MQ=255) tCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCacaaca < 1:1787833/68‑1 (MQ=255) cTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatgga > 1:3114495‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGt > 1:265207/1‑71 (MQ=255) tAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttta > 1:1013746‑M1/1‑3 (MQ=255) tAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTg < 1:1561670/47‑1 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt > 1:344072‑M1/1‑1 (MQ=255) acggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatag > 1:2519436‑M1/1‑1 (MQ=255) | TGATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGT > W3110S.gb/713884‑714021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |