| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,639,860 | T→C | 30.9% | intergenic (‑37/+309) | ynfN ← / ← cspI | hypothetical protein/cold shock protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,639,860 | 0 | T | C | 30.9% | 51.7 / 32.6 | 42 | intergenic (‑37/+309) | ynfN/cspI | hypothetical protein/cold shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/13); new base C (6/7); total (22/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAA > W3110S.gb/1639798‑1639929 | ttttCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGtt > 1:1457840/1‑70 (MQ=255) tGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaa > 1:1040047/1‑70 (MQ=255) tGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACAACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaa > 1:2204592/1‑70 (MQ=255) gatgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAttttttt > 1:1400065/1‑71 (MQ=255) atgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaaaaa > 1:2459522/1‑57 (MQ=255) atgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAt > 1:3838295/1‑64 (MQ=255) tgtTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCatga < 1:3935425/71‑1 (MQ=255) tgtTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCat < 1:2537012/69‑1 (MQ=255) aaCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGt < 1:786752/70‑1 (MQ=255) aaCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGt < 1:369050/70‑1 (MQ=255) aaCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGt < 1:3832965/70‑1 (MQ=255) aaCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGt > 1:1573852/1‑70 (MQ=255) aaCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTATCATGATGt > 1:1894513/1‑70 (MQ=255) aCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGtt < 1:210589/70‑1 (MQ=255) tCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTaaaaa < 1:358319/44‑1 (MQ=255) ccAGTAATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCg > 1:3560251/1‑71 (MQ=255) cAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCatgatg > 1:1487204/1‑64 (MQ=255) cAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCatgatg > 1:1147397/1‑64 (MQ=255) aGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgta < 1:3453639/71‑1 (MQ=255) gTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtag > 1:2542983/1‑71 (MQ=255) gTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtag > 1:196425/1‑71 (MQ=255) tCATCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtagt < 1:3427928/71‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtagta < 1:1832756/70‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtagta < 1:1412500/70‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAt > 1:1436753/1‑71 (MQ=255) aTCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAt > 1:2852683/1‑71 (MQ=255) aTCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAt > 1:3119494/1‑71 (MQ=255) tCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtg < 1:238624/71‑1 (MQ=255) tCGCTGGCACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAttt < 1:1368085/47‑1 (MQ=255) cGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtg < 1:3191849/70‑1 (MQ=255) gCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGa > 1:2157713/1‑42 (MQ=255) gCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtgt > 1:3319396/1‑70 (MQ=255) gCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtgt > 1:768183/1‑70 (MQ=255) cACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGtt < 1:1980554/53‑1 (MQ=255) cACTACCACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGtt < 1:1123837/53‑1 (MQ=255) cTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATcc < 1:3464930/71‑1 (MQ=255) accaccGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtg > 1:278265/1‑60 (MQ=255) ccACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCatga > 1:2974004/1‑44 (MQ=255) ccACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCgtagt < 1:3224767/56‑1 (MQ=255) ccACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATc > 1:1276038/1‑71 (MQ=255) ccACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCa < 1:4034450/69‑1 (MQ=255) cACCGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCg < 1:3618528/71‑1 (MQ=255) aCTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTa > 1:2648714/1‑63 (MQ=255) ctgctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGaa > 1:1630881/1‑71 (MQ=255) | TTTTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAA > W3110S.gb/1639798‑1639929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |