| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,832,787 | T→C | 16.3% | M304V (ATG→GTG) | astC ← | succinylornithine transaminase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,832,787 | 0 | T | C | 16.3% | 113.6 / 16.3 | 50 | M304V (ATG→GTG) | astC | succinylornithine transaminase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/27); new base C (5/3); total (19/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGGTGATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGATTACCGCCATAGGT > W3110S.gb/1832722‑1832856 | gCGGTGATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTg > 1:869702/1‑71 (MQ=255)gCGGTGATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTg > 1:1581153/1‑71 (MQ=255)gCGGTGATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCACCTCTg > 1:1197461/1‑71 (MQ=255) gATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGgtgtg > 1:3023543/1‑71 (MQ=255) gATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGgtgtg > 1:1528037/1‑71 (MQ=255) ttAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGtt < 1:1490792/71‑1 (MQ=255) ttAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGtt < 1:1206268/71‑1 (MQ=255) ttAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGtt < 1:2111159/71‑1 (MQ=255) ttAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCACCTCTGGTGTGtt < 1:3066210/71‑1 (MQ=255) ttAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCACCTCTGGTGTGtt < 1:1724414/71‑1 (MQ=255) aGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCAcct > 1:1510645/1‑56 (MQ=255) tATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGc > 1:518364/1‑71 (MQ=255) ttAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCAtctc < 1:1338883/53‑1 (MQ=255) ttAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGgtg < 1:2272728/58‑1 (MQ=255) ttAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTtg < 1:3041760/63‑1 (MQ=255) ttAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTc > 1:3599145/1‑71 (MQ=255) tAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTc > 1:1904650/1‑70 (MQ=255) aaGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTtgatga > 1:2093978/1‑65 (MQ=255) aaGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTtgatga > 1:2789269/1‑65 (MQ=255) aGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAg < 1:3016102/71‑1 (MQ=255) aCGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGgt < 1:3814438/52‑1 (MQ=255) aCGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGgt < 1:3545114/52‑1 (MQ=255) aCGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGgt < 1:3060855/52‑1 (MQ=255) cGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCAc < 1:1248201/71‑1 (MQ=255) gCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCAc < 1:1807120/70‑1 (MQ=255) caacaaACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCACCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTtg > 1:3805146/1‑71 (MQ=255) caacaaACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCACCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTtg > 1:1623368/1‑71 (MQ=255) aacaaACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGtt < 1:2280389/51‑1 (MQ=255) aacaaACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACttt < 1:282474/69‑1 (MQ=255) aacaaACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCAGCTCTGgt < 1:3549635/46‑1 (MQ=255) aaaCCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTtgcctg > 1:4078687/1‑71 (MQ=255) aaCCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTtgcctgc > 1:3245969/1‑71 (MQ=255) ccAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTtgcctgcc > 1:736192/1‑70 (MQ=255) ccAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCa > 1:1532482/1‑71 (MQ=255) tCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGtt < 1:1320751/41‑1 (MQ=255) tCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGtt < 1:2305079/41‑1 (MQ=255) tCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGtt < 1:2980223/41‑1 (MQ=255) gTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCACCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCAccgcc > 1:1373195/1‑70 (MQ=255) aCGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAg < 1:3310427/70‑1 (MQ=255) tttAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTttatga < 1:2100505/35‑1 (MQ=255) tttAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTttatga < 1:3976928/35‑1 (MQ=255) tttAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTtgatga < 1:3191152/35‑1 (MQ=255) tttAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTtgatga < 1:762381/35‑1 (MQ=255) tttAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTtgatga < 1:1589323/35‑1 (MQ=255) ttAACGCCATTAAGCACCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCa > 1:2198050/1‑55 (MQ=255) aTTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGATTACCGc < 1:1862389/71‑1 (MQ=255) aTTAAGCACCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGATTACCGc < 1:1071169/71‑1 (MQ=255) ttAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCg < 1:3199053/61‑1 (MQ=255) tAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGATTACCGCCa > 1:189914/1‑71 (MQ=255) gCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGATTACCGCCAt < 1:212309/69‑1 (MQ=255) cATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGATTACCGCCAt < 1:2274671/68‑1 (MQ=255) aTCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGATTACCGCCATAggt < 1:2852734/71‑1 (MQ=255) tctcTGGTGTGTTTATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCAccgcc < 1:736460/44‑1 (MQ=255) tctcTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCAccgcc < 1:3329003/44‑1 (MQ=255) | GCGGTGATTAATAGTATTAAGACGCTCAACAAACCAGTCGTGACGCTGTTTAACGCCATTAAGCATCTCTGGTGTGTTGATGAGCTCCAGCACTTTGCCTGCCACCGCCGAGGCCAGCGGATTACCGCCATAGGT > W3110S.gb/1832722‑1832856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |