| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,117,348 | C→T | 41.5% | G229D (GGC→GAC) | wcaM ← | predicted colanic acid biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,117,348 | 0 | C | T | 41.5% | 40.3 / 75.5 | 65 | G229D (GGC→GAC) | wcaM | predicted colanic acid biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/25); new base T (11/16); total (24/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGATATCAA > W3110S.gb/2117279‑2117418 | ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:2898657/71‑1 (MQ=255)ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:114697/71‑1 (MQ=255)ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:859662/71‑1 (MQ=255)ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:3998835/71‑1 (MQ=255)ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:1902446/71‑1 (MQ=255)ttCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:1736973/71‑1 (MQ=255) aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGcc < 1:3033862/71‑1 (MQ=255) aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGcc < 1:379877/71‑1 (MQ=255) aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGcc < 1:1710370/71‑1 (MQ=255) aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:2847811/71‑1 (MQ=255) aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:2326360/71‑1 (MQ=255) aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:905496/71‑1 (MQ=255) aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:1359840/71‑1 (MQ=255) aCGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGcc < 1:409569/71‑1 (MQ=255) cAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATg > 1:1063429/1‑71 (MQ=255) cAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATg > 1:1040470/1‑71 (MQ=255) aaaGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGa > 1:217780/1‑68 (MQ=255) aaGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGAt < 1:91860/68‑1 (MQ=255) aaGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGAt < 1:2557001/68‑1 (MQ=255) aGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGccc > 1:3306318/1‑71 (MQ=255) gTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGc > 1:4051858/1‑68 (MQ=255) gTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGc > 1:2613869/1‑68 (MQ=255) tttttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGcc < 1:3930392/56‑1 (MQ=255) ttttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAg > 1:3973811/1‑71 (MQ=255) tttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTAt > 1:45570/1‑57 (MQ=255) tttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTAt > 1:2530484/1‑57 (MQ=255) tttCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGt > 1:3217635/1‑71 (MQ=255) gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTa > 1:934226/1‑49 (MQ=255) gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTa > 1:1364279/1‑49 (MQ=255) gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTa > 1:1115503/1‑49 (MQ=255) gCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTa > 1:1377996/1‑49 (MQ=255) cTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGc < 1:3622666/71‑1 (MQ=255) cTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGc < 1:2400124/71‑1 (MQ=255) cTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGc < 1:393188/71‑1 (MQ=255) gTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTACCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt > 1:696593/1‑71 (MQ=255) cTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGcc < 1:593386/46‑1 (MQ=255) cTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTg > 1:560177/1‑71 (MQ=255) ccGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGGCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:1336487/69‑1 (MQ=255) cGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTAc < 1:261097/71‑1 (MQ=255) cGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTAc < 1:3823787/71‑1 (MQ=255) tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:1421212/71‑1 (MQ=255) tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:91566/71‑1 (MQ=255) tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:50249/71‑1 (MQ=255) tAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:1364429/71‑1 (MQ=255) aGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2657537/70‑1 (MQ=255) ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:3890001/61‑1 (MQ=255) ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:2477483/61‑1 (MQ=255) ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2967978/68‑1 (MQ=255) ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:2780170/68‑1 (MQ=255) ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGtt < 1:825770/68‑1 (MQ=255) ttgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGt < 1:2404116/67‑1 (MQ=255) tgttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGAt > 1:60679/1‑70 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATgc > 1:2376887/1‑71 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATgc > 1:484443/1‑71 (MQ=255) gttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCTGTTGATTTTGCCGTTGGTACa < 1:1258385/63‑1 (MQ=255) ttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGAtttt < 1:2071330/50‑1 (MQ=255) ttATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGAtttt < 1:2075884/50‑1 (MQ=255) tATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTg > 1:1978875/1‑50 (MQ=255) aTCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCt > 1:1853882/1‑71 (MQ=255) tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:193925/55‑1 (MQ=255) tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTgg < 1:3213121/55‑1 (MQ=255) tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTc < 1:2364505/71‑1 (MQ=255) tCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTc < 1:841928/71‑1 (MQ=255) aTAAGTGCTTCCCGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCg < 1:2368318/70‑1 (MQ=255) tAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGcc < 1:2839733/47‑1 (MQ=255) aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt > 1:3679641/1‑47 (MQ=255) aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGt > 1:2666382/1‑47 (MQ=255) aGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGa < 1:52665/71‑1 (MQ=255) gTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGt < 1:931377/50‑1 (MQ=255) ccGCAAGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTTATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCa < 1:1164524/71‑1 (MQ=255) ccGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCa < 1:905020/71‑1 (MQ=255) aaGGTCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGata > 1:1137282/1‑71 (MQ=255) ccTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGAc < 1:3665140/56‑1 (MQ=255) ccTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGATATCaa < 1:876590/71‑1 (MQ=255) ccTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGATATCaa < 1:2624757/71‑1 (MQ=255) | TTCGCCACGACAAAGTTTTTCACTGCCTGGTCTTCCGGGTAGTTGTTATCATAAGTGCTTCCCGCAAGGCCTATGCCGATGCCCCAGTTGATTTTGCCGTTGGTACAGTTGATGCGCTCGATGACATGGTCAGATATCAA > W3110S.gb/2117279‑2117418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |