| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,178,242 | G→A | 15.5% | P48S (CCT→TCT) | gatA ← | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,178,242 | 0 | G | A | 15.5% | 113.0 / 12.6 | 45 | P48S (CCT→TCT) | gatA | galactitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/21); new base A (4/3); total (21/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
CTTCCTTAGCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCT > W3110S.gb/2178173‑2178310 | acgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAggg < 1:776409‑M2/62‑1 (MQ=255)acgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAggg < 1:1495908‑M2/62‑1 (MQ=255)acgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAggg < 1:2415445‑M2/62‑1 (MQ=255)acgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAggg < 1:232500‑M2/62‑1 (MQ=255) gacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGaa > 1:3307511‑M2/8‑71 (MQ=255) agCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTg > 1:1350532‑M2/3‑71 (MQ=255) agCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTg > 1:2158242‑M2/3‑71 (MQ=255) agCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGAGAATTCt > 1:4039725‑M2/3‑70 (MQ=255) gCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGc < 1:3800997‑M2/70‑1 (MQ=255) aTGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCtt < 1:1049161/71‑1 (MQ=255) aTGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCtt < 1:3871638/71‑1 (MQ=255) aaTCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTtctc > 1:961469/1‑71 (MQ=255) aaTCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTtctc > 1:1488028/1‑71 (MQ=255) ccTCACAATGCCGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCa < 1:3570698/71‑1 (MQ=255) cTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAggg < 1:3845902/52‑1 (MQ=255) acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTg > 1:3388676/1‑64 (MQ=255) acaATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAAtt > 1:688564/1‑70 (MQ=255) aTGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATg < 1:3599042/71‑1 (MQ=255) aTGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATg < 1:323912/71‑1 (MQ=255) tATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGcc < 1:3069295/67‑1 (MQ=255) ttGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAAtt < 1:34533/59‑1 (MQ=255) ttGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAAtt < 1:3538215/59‑1 (MQ=255) ttGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGc < 1:301917/64‑1 (MQ=255) ttGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCtg > 1:3472243/1‑67 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGc > 1:3692534/1‑69 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTaa > 1:1464751/1‑59 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTaa > 1:1238488/1‑59 (MQ=255) gCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTaa > 1:2360951/1‑59 (MQ=255) aTAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGaa < 1:3691549/35‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTaa > 1:2773630/1‑53 (MQ=255) gCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTAt > 1:2057180/1‑70 (MQ=255) gCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTAt > 1:1356256/1‑70 (MQ=255) tgctgcTCAAGCATTATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATg < 1:277847/71‑1 (MQ=255) ctgctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTg > 1:3854952/1‑40 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGTCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATg < 1:2292073/66‑1 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAAc < 1:407236/69‑1 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACca > 1:2315715/1‑71 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCACGAACca < 1:524370/71‑1 (MQ=255) ctCAAGCATTATCCCGGTACGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATg < 1:2060104/66‑1 (MQ=255) aaGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTaa > 1:2014865/1‑42 (MQ=255) gCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCTAGGTATCATGAACCACACCt > 1:3485321/1‑71 (MQ=255) cATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATg < 1:3410911/60‑1 (MQ=255) aTTATCCCGTTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCttt < 1:3057604/71‑1 (MQ=255) aTTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCttt < 1:3339093/71‑1 (MQ=255) aTTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCttt < 1:921075/71‑1 (MQ=255) ttATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGaa > 1:3294397/1‑60 (MQ=255) ttATCCCGGTAGAGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGa < 1:2415560/59‑1 (MQ=255) aTCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGa < 1:29659/57‑1 (MQ=255) ccGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAg < 1:810884/71‑1 (MQ=255) ccGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAg < 1:901818/71‑1 (MQ=255) gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTGTCATGAACCACACCTTTGGCGAGCAtct < 1:4002379/70‑1 (MQ=255) gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCAtct > 1:166963/1‑70 (MQ=255) gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCAtct < 1:591345/70‑1 (MQ=255) gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCAtct < 1:662536/70‑1 (MQ=255) gggAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCAtct < 1:2346354/70‑1 (MQ=255) | CTTCCTTAGCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCT > W3110S.gb/2178173‑2178310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |