| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,562,915 | T→C | 17.1% | Y404C (TAC→TGC) | eutB ← | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,562,915 | 0 | T | C | 17.1% | 176.5 / 28.8 | 76 | Y404C (TAC→TGC) | eutB | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/38); new base C (3/10); total (28/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
GGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGAT > W3110S.gb/2562852‑2562985 | ggTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAg < 1:930300/71‑1 (MQ=255) gTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGc < 1:1945873/71‑1 (MQ=255) aCGGGCGCTGGGTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:2880660/70‑1 (MQ=255) aCGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:2234901/70‑1 (MQ=255) aCGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:3105640/70‑1 (MQ=255) aCGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCatg < 1:2072073/71‑1 (MQ=255) aCGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCatg < 1:3153790/71‑1 (MQ=255) aCGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCatg < 1:3078392/71‑1 (MQ=255) aCGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGGGGGCTGGTAGTTGAGCat < 1:745232/70‑1 (MQ=255) ttGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAcc > 1:430130/1‑71 (MQ=255) tGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtca > 1:2786456/1‑65 (MQ=255) tGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtca > 1:1154408/1‑65 (MQ=255) tGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtca > 1:1390872/1‑65 (MQ=255) tGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtca > 1:1712362/1‑65 (MQ=255) tGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAcc > 1:1858417/1‑70 (MQ=255) aGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:711850/56‑1 (MQ=255) gTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATTCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:3879943/55‑1 (MQ=255) gTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:195715/55‑1 (MQ=255) tAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatg < 1:2502579/55‑1 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatgat > 1:3989641/1‑55 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatgat > 1:3931809/1‑55 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat > 1:638792/1‑52 (MQ=255) aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat > 1:3230281/1‑52 (MQ=255) cTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCat < 1:1201685/51‑1 (MQ=255) cTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCa < 1:7196/71‑1 (MQ=255) gACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatga > 1:3987475/1‑51 (MQ=255) gACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatga > 1:3903632/1‑51 (MQ=255) gACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatga > 1:1369785/1‑51 (MQ=255) gACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCatgat > 1:2554601/1‑52 (MQ=255) gTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatga > 1:3086626/1‑43 (MQ=255) gTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCatg > 1:2453541/1‑42 (MQ=255) tGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCat < 1:1431284/40‑1 (MQ=255) gCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:797067/70‑1 (MQ=255) gCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:2504602/70‑1 (MQ=255) gCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:1511352/70‑1 (MQ=255) gCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:815920/70‑1 (MQ=255) gCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:2629210/70‑1 (MQ=255) cGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:1266163/69‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtc < 1:335508/38‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtc < 1:3572209/38‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtc < 1:948300/38‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtc < 1:1856251/38‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGtc < 1:3170717/38‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCAt < 1:500072/53‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGt > 1:1751090/1‑67 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAcc > 1:2390648/1‑42 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAc > 1:4010596/1‑41 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCAc > 1:1784753/1‑41 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAg > 1:1448945/1‑45 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATcc > 1:461777/1‑53 (MQ=255) tGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgatg < 1:4048281/60‑1 (MQ=255) tGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgatg < 1:3682648/60‑1 (MQ=255) tGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgatg < 1:111481/60‑1 (MQ=255) tGGAATGCGGTGGTCTGGCAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgatg < 1:579014/60‑1 (MQ=255) ggAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCt > 1:804719/1‑71 (MQ=255) aaTGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGc < 1:2640925/71‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:1078930/56‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:2860653/56‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:258561/56‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:1850671/56‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:2117009/56‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCgg < 1:1017403/71‑1 (MQ=255) tGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCgg < 1:2369518/71‑1 (MQ=255) cGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCa > 1:1492973/1‑36 (MQ=255) cGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTg > 1:255983/1‑71 (MQ=255) cGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTg > 1:3733032/1‑71 (MQ=255) tggtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgat < 1:497686/49‑1 (MQ=255) tggtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGc > 1:3268947/1‑70 (MQ=255) tggtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCg < 1:3235579/71‑1 (MQ=255) tggtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCg < 1:813892/71‑1 (MQ=255) gtCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatga > 1:2428022/1‑46 (MQ=255) tCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCat < 1:2524977/43‑1 (MQ=255) tCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCat < 1:2453838/43‑1 (MQ=255) tCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCat < 1:2806752/43‑1 (MQ=255) tCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCat < 1:3670894/43‑1 (MQ=255) tCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGt < 1:3036357/48‑1 (MQ=255) tAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGat < 1:1669618/71‑1 (MQ=255) | GGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGAT > W3110S.gb/2562852‑2562985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |