| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,574,782 | A→C | 18.5% | V751G (GTG→GGG) | maeB ← | fused malic enzyme predicted oxidoreductase and predicted phosphotransacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,574,782 | 0 | A | C | 18.5% | 50.6 / 16.8 | 38 | V751G (GTG→GGG) | maeB | fused malic enzyme predicted oxidoreductase and predicted phosphotransacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/10); new base C (2/5); total (23/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.93e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
GAATATTCAGGGTAAGCGTGAGAGTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTAACACGTGAACCGGTTTCGC > W3110S.gb/2574720‑2574852 | gAATATTCAGGGTAAGCGTGAGAGTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAgc > 1:3203135/1‑71 (MQ=255) ttCAGGGTAAGCGTGAGAGTTAAAAAAAATTACAGCGTTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGccac > 1:3691179/1‑71 (MQ=255) gTAAGCGTGAGAGTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCCCGGCCAGCGCCACCATGtt < 1:1511798/71‑1 (MQ=255) gTAAGCGTGAGAGTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCCCGGCCAGCGCCACCATGtt < 1:1876267/71‑1 (MQ=255) gCGTGAGAGTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGAc < 1:1431115/70‑1 (MQ=255) gCGTGAGAGTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGAc < 1:1928790/70‑1 (MQ=255) gagaGTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATac > 1:885142/1‑71 (MQ=255) agTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCCCGGcc < 1:3835893/46‑1 (MQ=255) gTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATacgacg < 1:942614/71‑1 (MQ=255) ttAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATa > 1:1433708/1‑65 (MQ=255) aaaaaaaaTTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCCCGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCAc > 1:2938095/1‑71 (MQ=255) aaaaaaaaTTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGc > 1:512788/1‑41 (MQ=255) aaaaaaaaTTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGc > 1:441963/1‑41 (MQ=255) aaaaaaaaTTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCAc > 1:1544288/1‑71 (MQ=255) aaaaaaaaTTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCAc > 1:611666/1‑71 (MQ=255) aaaaaaaaTTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCAc > 1:2954078/1‑71 (MQ=255) aaaaaaaaTTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCAc > 1:2748954/1‑71 (MQ=255) tACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGa > 1:29874/1‑70 (MQ=255) tACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGAt > 1:2646036/1‑71 (MQ=255) tACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGAt > 1:1545109/1‑71 (MQ=255) tACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGAt > 1:1878831/1‑71 (MQ=255) tACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGAt > 1:2213883/1‑71 (MQ=255) tACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGAt > 1:2218102/1‑71 (MQ=255) aCAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATc > 1:67082/1‑71 (MQ=255) aCAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATc > 1:3033219/1‑71 (MQ=255) cAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATc < 1:2212390/70‑1 (MQ=255) ttGTGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGAc < 1:2370562/42‑1 (MQ=255) ttGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGAc < 1:2726928/42‑1 (MQ=255) gTTTGCGCTTCTACCCCGGCCAGCGCCACCATGTTGACGa < 1:1535550/40‑1 (MQ=255) tttGCGCTTCTACCCCGGCCAGCGCCACCATGTTGACGa < 1:2695256/39‑1 (MQ=255) tGCGCTTCTACCCCGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTAACACGt > 1:144903/1‑70 (MQ=255) cTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATacgacg < 1:1041294/40‑1 (MQ=255) ttCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTaa > 1:2968360/1‑60 (MQ=255) ttCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTaa > 1:2908075/1‑60 (MQ=255) ccACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTAACACGTGAACCGGt < 1:2327055/68‑1 (MQ=255) ccACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTAACACGTGAACCGGt < 1:2471833/68‑1 (MQ=255) ccACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTAACACGTGAACCGGt < 1:1096660/68‑1 (MQ=255) ccACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTAACACGTGAACCGGTTTc > 1:2556493/1‑71 (MQ=255) aCGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTAACACGTGAACCGGTTTCGc < 1:4036617/71‑1 (MQ=255) | GAATATTCAGGGTAAGCGTGAGAGTTAAAAAAAATTACAGCGGTTGGGTTTGCGCTTCTACCACGGCCAGCGCCACCATGTTGACGATACGACGCACCGATGCGATCGGCGTTAACACGTGAACCGGTTTCGC > W3110S.gb/2574720‑2574852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |