| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,829,103 | T→C | 23.7% | V212A (GTG→GCG) | gutQ → | predicted phosphosugar‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,829,103 | 0 | T | C | 23.7% | 66.7 / 19.9 | 38 | V212A (GTG→GCG) | gutQ | predicted phosphosugar‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/13); new base C (4/5); total (20/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCGGT > W3110S.gb/2829038‑2829172 | aCTGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGt < 1:3756216/71‑1 (MQ=255) gggCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTa < 1:539061/70‑1 (MQ=255) gggCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTa < 1:3104354/70‑1 (MQ=255) gggCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTa < 1:2767175/70‑1 (MQ=255) gagcgcTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTa < 1:4058974/68‑1 (MQ=255) ggCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAAc > 1:410403/1‑71 (MQ=255) ggCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAAc > 1:3009002/1‑71 (MQ=255) ggCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAAc > 1:1775115/1‑71 (MQ=255) cgctTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAg > 1:1024874/1‑71 (MQ=255) ttGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAAc < 1:1732754/62‑1 (MQ=255) tGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTaa > 1:587684/1‑60 (MQ=255) gCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:895477/69‑1 (MQ=255) gCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:3876630/69‑1 (MQ=255) gCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:2523601/69‑1 (MQ=255) gCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:2110854/69‑1 (MQ=255) gCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:159202/69‑1 (MQ=255) gCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:1114715/69‑1 (MQ=255) aaTAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTAACCGCCAGCGTga > 1:310242/1‑67 (MQ=255) aaTAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTAACCGCCAGCGTga > 1:3302230/1‑67 (MQ=255) tAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTgatggatg > 1:100809/1‑71 (MQ=255) tAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTgatggatg > 1:2794178/1‑71 (MQ=255) tAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTgatggatg > 1:1510820/1‑71 (MQ=255) tGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGt < 1:1843381/58‑1 (MQ=255) tcatcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGtt < 1:4064371/42‑1 (MQ=255) tcatcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTa < 1:3330321/43‑1 (MQ=255) atcTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTaa > 1:2288137/1‑42 (MQ=255) tGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGCGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACt > 1:1174744/1‑70 (MQ=255) tGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGc > 1:3412071/1‑71 (MQ=255) tGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGc > 1:1014397/1‑71 (MQ=255) aCGAAGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCgg > 1:2266784/1‑70 (MQ=255) aTCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCt < 1:3485625/71‑1 (MQ=255) ccACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCtggt > 1:1174596/1‑71 (MQ=255) ccACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCtggt > 1:614823/1‑71 (MQ=255) ccACAGGCGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGACGCACCGGTCTGGGGCtggt > 1:1442342/1‑71 (MQ=255) aGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCg > 1:3755814/1‑71 (MQ=255) ggTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCgg > 1:1591264/1‑71 (MQ=255) gTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCgg < 1:3929817/70‑1 (MQ=255) gTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCGGt < 1:602427/71‑1 (MQ=255) | ACTGGGCGCTCGCTTGCTGAATAAAGTGCATCATCTGATGCGCCGTGACGATGCCATCCCACAGGTGGCGTTAACCGCCAGCGTGATGGATGCGATGCTGGAACTCAGCCGCACCGGTCTGGGGCTGGTGGCGGT > W3110S.gb/2829038‑2829172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |