| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,989,682 | C→T | 21.4% | intergenic (+26/‑242) | ygeF → / → ygeG | hypothetical protein/predicted chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,989,682 | 0 | C | T | 21.4% | 189.0 / 46.4 | 89 | intergenic (+26/‑242) | ygeF/ygeG | hypothetical protein/predicted chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/30); new base T (8/11); total (48/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
CGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATAT > W3110S.gb/2989612‑2989745 | cGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc < 1:223868/71‑1 (MQ=255)cGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc < 1:2575824/71‑1 (MQ=255) gACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc > 1:37859/1‑70 (MQ=255) gACATTCTACACTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATc > 1:387935/1‑70 (MQ=255) ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:1606668/67‑1 (MQ=255) ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:109260/67‑1 (MQ=255) ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:3623439/67‑1 (MQ=255) ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:990910/67‑1 (MQ=255) ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:2727818/67‑1 (MQ=255) ttCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGt < 1:3079504/71‑1 (MQ=255) tCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGt > 1:3887089/1‑70 (MQ=255) cTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCa > 1:3822492/1‑71 (MQ=255) cccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATcc < 1:1574321/62‑1 (MQ=255) ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:4029326/71‑1 (MQ=255) ccTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca < 1:2935181/71‑1 (MQ=255) ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa < 1:2726280/63‑1 (MQ=255) ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCa < 1:414149/63‑1 (MQ=255) ctcAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATAcaca > 1:3488616/1‑69 (MQ=255) aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACAtt < 1:149504/68‑1 (MQ=255) aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACAtt < 1:2734436/68‑1 (MQ=255) aaaaaTCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:1261114/68‑1 (MQ=255) cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:3408993/61‑1 (MQ=255) cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:1410018/61‑1 (MQ=255) cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:3039297/61‑1 (MQ=255) cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACAtt < 1:3278328/61‑1 (MQ=255) cccTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTa > 1:1585088/1‑71 (MQ=255) tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTGTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTAt > 1:3374156/1‑69 (MQ=255) tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCa < 1:1728940/50‑1 (MQ=255) tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCa < 1:810058/50‑1 (MQ=255) tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATaca < 1:2211880/54‑1 (MQ=255) tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg > 1:783024/1‑70 (MQ=255) tttttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATg > 1:609145/1‑70 (MQ=255) tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2887626/69‑1 (MQ=255) tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTaa > 1:3028439/1‑71 (MQ=255) tttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTaa > 1:1430267/1‑71 (MQ=255) ttAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTaa > 1:3972446/1‑70 (MQ=255) tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt > 1:1780771/1‑62 (MQ=255) tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt > 1:46439/1‑62 (MQ=255) tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt > 1:1475977/1‑62 (MQ=255) tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCAtt > 1:3476983/1‑62 (MQ=255) tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATg > 1:2748386/1‑71 (MQ=255) tAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATg > 1:18528/1‑71 (MQ=255) aTTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATaca > 1:1636485/1‑48 (MQ=255) aTTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTc > 1:670672/1‑71 (MQ=255) tttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATAAAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCg > 1:2659720/1‑70 (MQ=255) ttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt > 1:2703491/1‑70 (MQ=255) ttCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt < 1:1198530/70‑1 (MQ=255) ttCATTGAAAAAATGGCAATTGATAATATGAATCCATGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGt < 1:389752/70‑1 (MQ=255) tCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTaa > 1:2697371/1‑71 (MQ=255) aTTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAAtt < 1:735955/71‑1 (MQ=255) ttGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCCCGTCATACACATTAAGGCAtt < 1:1906350/53‑1 (MQ=39) aaaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg < 1:3144441/70‑1 (MQ=255) aaaaaaTGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg < 1:447130/70‑1 (MQ=255) aaTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACtaataa < 1:2262790/71‑1 (MQ=255) aTTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:567230/44‑1 (MQ=255) ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGTCATTTATGt < 1:3737552/43‑1 (MQ=255) ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:681689/43‑1 (MQ=255) ttGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:3320710/43‑1 (MQ=255) gATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTaa > 1:1102408/1‑51 (MQ=255) gATACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:1003891/1‑70 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTTATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:2559146/1‑46 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATg > 1:2362510/1‑45 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:991400/1‑46 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:313129/1‑46 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:1835263/1‑46 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:2043268/1‑46 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:2443710/1‑46 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGt > 1:266884/1‑46 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:883658/1‑70 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt < 1:1409623/70‑1 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:1618682/1‑70 (MQ=255) gATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGt > 1:465851/1‑70 (MQ=255) aTACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTg < 1:4056724/70‑1 (MQ=255) aTACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCTTAATTAAGATAACTAATAAGGta < 1:1565627/70‑2 (MQ=255) tACTATTAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:3268591/1‑53 (MQ=255) tACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:2978537/1‑53 (MQ=255) tACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:3686572/1‑53 (MQ=255) tACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:1255735/71‑1 (MQ=255) tACTATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:3728097/71‑1 (MQ=255) tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:3726976/71‑1 (MQ=255) tACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:455852/71‑1 (MQ=255) aCTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:2022754/38‑1 (MQ=255) cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAat < 1:383151/70‑1 (MQ=255) cTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAat < 1:2977148/70‑1 (MQ=255) tATGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAata > 1:1756992/1‑70 (MQ=255) tATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGt < 1:12545/36‑1 (MQ=255) tATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGaa < 1:2892185/68‑1 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:3876407/1‑49 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTaa > 1:3466685/1‑49 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2485787/1‑50 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2589307/1‑50 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAg > 1:2599284/1‑50 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAata > 1:1334072/1‑69 (MQ=255) aTGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAata > 1:2752263/1‑69 (MQ=255) tGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat < 1:520316/69‑1 (MQ=255) tGAATTCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat < 1:1564469/69‑1 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:1082308/1‑69 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:2366406/1‑69 (MQ=255) tGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAatat > 1:3874275/1‑69 (MQ=255) | CGACATTCTACCCTTCTCAAAAATCCCCTTTTTAATTTTCATTGAAAAAATGGCAATTGATACTATGAATCCAGGTCATACACATTAAGGCATTTATGTAATGTCGTAATTAAGATAACTAATAAGGTGAATAT > W3110S.gb/2989612‑2989745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |