| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,140,619 | C→T | 39.6% | A343T (GCA→ACA) | hybC ← | hydrogenase 2, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,140,619 | 0 | C | T | 39.6% | 35.9 / 51.0 | 48 | A343T (GCA→ACA) | hybC | hydrogenase 2, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/13); new base T (10/9); total (26/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTATT > W3110S.gb/3140562‑3140684 | atTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTgc < 1:4063790/62‑1 (MQ=255) tttCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCg > 1:289582/1‑70 (MQ=255) tttCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCg > 1:27225/1‑70 (MQ=255) tttCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGt > 1:3323720/1‑71 (MQ=255) ttCCCGTAGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTc > 1:682185/1‑71 (MQ=255) tCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTgcg > 1:1728679/1‑60 (MQ=255) tCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTc > 1:1632334/1‑67 (MQ=255) tCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTc > 1:2754037/1‑67 (MQ=255) tCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTc < 1:1592510/70‑1 (MQ=255) tCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTc < 1:2585759/70‑1 (MQ=255) tCCCGTCGTCAGAACAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTc < 1:275611/70‑1 (MQ=255) ccGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCtt < 1:1183524/70‑1 (MQ=255) ccGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCtt < 1:3269620/70‑1 (MQ=255) ccGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCtt < 1:3677695/70‑1 (MQ=255) cgtcgtCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCTTta < 1:2917616/71‑1 (MQ=255) gtcgtcAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTtat < 1:3686400/71‑1 (MQ=255) aGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAgg < 1:1814341/71‑1 (MQ=255) aGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAgg < 1:3620661/71‑1 (MQ=255) caaccaTCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCt > 1:1804122/1‑57 (MQ=255) caaccaTCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGt > 1:1434252/1‑70 (MQ=255) caaccaTCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTg < 1:236306/71‑1 (MQ=255) tcatAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCtt < 1:2483602/52‑1 (MQ=255) tcatAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCTTTATAc > 1:679914/1‑57 (MQ=255) tcatAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCTTTATAc > 1:3199995/1‑57 (MQ=255) tcatAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTcgc > 1:2282396/1‑71 (MQ=255) tcatAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTcgc > 1:518466/1‑71 (MQ=255) tcatAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTcgc > 1:2551841/1‑71 (MQ=255) tcatAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTcg > 1:3025738/1‑70 (MQ=255) atAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCTTta > 1:2568213/1‑52 (MQ=255) atAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCt > 1:4073784/1‑43 (MQ=255) atAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCt > 1:3949243/1‑43 (MQ=255) atAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCt > 1:2813097/1‑43 (MQ=255) atAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCgcgc > 1:3263135/1‑71 (MQ=255) tAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCgcgc > 1:3839009/1‑70 (MQ=255) gtggtgCCTTCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCtt < 1:1554849/37‑1 (MQ=255) tgCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTg < 1:922757/71‑1 (MQ=255) ttCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCttt < 1:749517/53‑1 (MQ=255) ttCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGa > 1:2735756/1‑39 (MQ=255) ttCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTg < 1:3844648/57‑1 (MQ=255) ttCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGa > 1:2099916/1‑68 (MQ=255) tCCCACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCtt > 1:136533/1‑44 (MQ=255) cccACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTcc > 1:4002159/1‑53 (MQ=255) ccACGGTGTCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAgg < 1:3043411/70‑1 (MQ=255) cACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTcgc > 1:1014758/1‑44 (MQ=255) cACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTa < 1:2331502/71‑1 (MQ=255) cACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTa < 1:1813821/71‑1 (MQ=255) aaggTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCtt < 1:1636913/45‑1 (MQ=255) cGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTAtt < 1:3747065/71‑1 (MQ=255) ccTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTa > 1:3341806/1‑64 (MQ=255) | ATTTCCCGTCGTCAGACCAACCATCATAAGCCGGAATGGTGGTGCCTTCCCACGGTGCCTGCGGCGCTTCGTCTTTATACCAGGAGTGCTTCGCGCTTTCCTGAATGCCTTTGATCAGGTATT > W3110S.gb/3140562‑3140684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |