| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,359,906 | T→C | 31.1% | M285T (ATG→ACG) | gltD → | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,359,906 | 0 | T | C | 31.1% | 79.6 / 50.6 | 61 | M285T (ATG→ACG) | gltD | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/23); new base C (10/9); total (29/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGC > W3110S.gb/3359837‑3359976 | cGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATg < 1:2019093/71‑1 (MQ=255) ttCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGa < 1:2063136/71‑1 (MQ=255) ccTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAg > 1:209694/1‑71 (MQ=255) ccTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAg > 1:2792485/1‑71 (MQ=255) aTCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCa < 1:2854687/70‑1 (MQ=255) gCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAgg > 1:549630/1‑65 (MQ=255) gCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAgg > 1:551570/1‑65 (MQ=255) gCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAgg > 1:850876/1‑65 (MQ=255) gCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAAcg > 1:381256/1‑71 (MQ=255) gCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAAcg > 1:2653024/1‑71 (MQ=255) aaCACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCa < 1:1426464/64‑1 (MQ=255) aaCACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAAcgcg > 1:3142094/1‑70 (MQ=255) aaCACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCgt > 1:1853658/1‑71 (MQ=255) acacCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCgtg < 1:1597132/71‑1 (MQ=255) cacCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCaaa > 1:3015783/1‑64 (MQ=255) cacCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCaaa > 1:808930/1‑64 (MQ=255) acCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAAACGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCgtggt > 1:3578555/1‑71 (MQ=255) ccAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCgtggtg > 1:2577633/1‑71 (MQ=255) ccAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCgtggtg > 1:279077/1‑71 (MQ=255) ccAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCgtggtg > 1:3351584/1‑71 (MQ=255) cAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGATCCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGtggtgg > 1:2056288/1‑71 (MQ=255) cAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAg < 1:2868104/56‑1 (MQ=255) cAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAg < 1:2872898/56‑1 (MQ=255) cAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAg < 1:756303/56‑1 (MQ=255) aaaCAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAATCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGtggtgg > 1:244618/1‑70 (MQ=255) aaCAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTc < 1:3109052/71‑1 (MQ=255) aCAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAAcg < 1:2442043/60‑1 (MQ=255) aCAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAAcg < 1:3388173/60‑1 (MQ=255) cAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAAc > 1:2463995/1‑58 (MQ=255) aGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCtt < 1:1107620/71‑1 (MQ=255) ttAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTgg < 1:78261/71‑1 (MQ=255) aaTGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGc < 1:2554190/70‑1 (MQ=255) tGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCg < 1:993422/69‑1 (MQ=255) gggCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCaaa > 1:1122941/1‑49 (MQ=255) gggCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTc < 1:1639122/61‑1 (MQ=255) gggCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGt > 1:932597/1‑70 (MQ=255) gggCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGt > 1:2054731/1‑70 (MQ=255) ggCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTgg > 1:419293/1‑71 (MQ=255) ggCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTg > 1:926875/1‑70 (MQ=255) gCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGc < 1:468269/71‑1 (MQ=255) gCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGc < 1:3791792/71‑1 (MQ=255) gCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGATCCTTGGCGGTGGc > 1:1273022/1‑71 (MQ=255) gCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGATCCTTGGCGGTGGc > 1:1618517/1‑71 (MQ=255) cTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGc > 1:493112/1‑70 (MQ=255) cTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGc > 1:534336/1‑70 (MQ=255) tGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGac < 1:514746/70‑1 (MQ=255) tGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGa < 1:809342/69‑1 (MQ=255) tGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGa < 1:2623041/69‑1 (MQ=255) aaaCCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGc < 1:1709750/70‑1 (MQ=255) aaaCCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGc < 1:2882004/70‑1 (MQ=255) aaaCCCGCGACGAACAGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGc < 1:2814610/70‑1 (MQ=255) cccGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATg < 1:1315820/71‑1 (MQ=255) cccGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATg < 1:2779676/71‑1 (MQ=255) cccGCGACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATg < 1:3102175/71‑1 (MQ=255) gcgACGAACCGTTCGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGAc < 1:1812647/71‑1 (MQ=255) cGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGTGACACTGCGATGGACTgcgtgcgt < 1:83380/71‑1 (MQ=255) cGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTgcgtgcgt < 1:141345/71‑1 (MQ=255) cGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTgcgtgcgt < 1:1381328/71‑1 (MQ=255) cGTCAGCACGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGt > 1:3487131/1‑71 (MQ=255) aGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGacac > 1:3259855/1‑44 (MQ=255) gCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTc < 1:1531466/67‑1 (MQ=255) tGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTgcgc > 1:3447658/1‑71 (MQ=255) | CGTTCCTCATCGCCAACACCAAACAGTTAATGGGCTTTGGTGAAACCCGCGACGAACCGTTCGTCAGCATGGAAGGCAAACGCGTGGTGGTCCTTGGCGGTGGCGACACTGCGATGGACTGCGTGCGTACGTCCGTGCGC > W3110S.gb/3359837‑3359976 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |