| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,404,628 | A→C | 36.0% | intergenic (+315/‑663) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,404,628 | 0 | A | C | 36.0% | 19.4 / 97.2 | 75 | intergenic (+315/‑663) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/28); new base C (11/16); total (31/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACA > W3110S.gb/3404560‑3404697 | cgctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACtt < 1:1950434/71‑1 (MQ=255)cgctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACtt < 1:3601673/71‑1 (MQ=255)cgctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAAtt < 1:2169994/71‑1 (MQ=255) gctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAAtt < 1:2654190/70‑1 (MQ=255) gctacgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTa < 1:424636/71‑1 (MQ=255) cgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAAt < 1:730482/69‑1 (MQ=255) cgctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGCGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAAt < 1:3195732/69‑1 (MQ=255) gctTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCAc < 1:1339117/71‑1 (MQ=255) cccTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAAcc < 1:2579525/71‑1 (MQ=255) cccTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAAcc < 1:2532233/71‑1 (MQ=255) tacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:1274036/1‑70 (MQ=255) tacttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:1942025/1‑70 (MQ=255) acttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAAt > 1:3996345/1‑56 (MQ=255) acttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAt > 1:3859915/1‑69 (MQ=255) cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAttt < 1:2136976/70‑1 (MQ=255) cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTAttt < 1:2125551/70‑1 (MQ=255) cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt < 1:2206403/70‑1 (MQ=255) cttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTAttt < 1:1209205/70‑1 (MQ=255) ttaTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAAt < 1:1090182/54‑1 (MQ=255) taTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAAt > 1:1730248/1‑71 (MQ=255) aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAAt < 1:2613207/70‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATg > 1:3135793/1‑71 (MQ=255) cTGGTACCATGGGGAGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAAcc < 1:744258/58‑1 (MQ=255) gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAACtt < 1:3784035/42‑1 (MQ=255) gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTTAGc < 1:1343186/70‑1 (MQ=255) gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:709280/69‑1 (MQ=255) gTACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCa < 1:3342321/71‑1 (MQ=255) tACCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGc < 1:3284974/69‑1 (MQ=255) aCCATGGGGTGAATAATCTGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCAtt > 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(MQ=255) atCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:1932270/1‑45 (MQ=255) atCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:1582182/1‑45 (MQ=255) atCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:1454346/1‑45 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGCCTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAAttt > 1:1195122/1‑71 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTa < 1:3420314/39‑1 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTa < 1:3710581/39‑1 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTa < 1:1384045/39‑1 (MQ=255) tCTGATTTTGTTTGACTACAACTTAATCACTCGAACCTa < 1:628308/39‑1 (MQ=255) tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:966449/1‑42 (MQ=255) tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCa < 1:1403336/57‑1 (MQ=255) tGATTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCa < 1:141063/57‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTGACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAg < 1:3913231/47‑1 (MQ=255) tttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTaa > 1:228899/1‑38 (MQ=255) ttgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGc > 1:4004866/1‑71 (MQ=255) tgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGc < 1:1059479/70‑1 (MQ=255) tgtttgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGc < 1:211698/70‑1 (MQ=255) tgACTACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTa < 1:1416180/70‑1 (MQ=255) tACAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCa > 1:1732777/1‑69 (MQ=255) tACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa < 1:3509605/44‑1 (MQ=255) tACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa < 1:260417/44‑1 (MQ=255) tACAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa < 1:951674/44‑1 (MQ=255) cAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa > 1:513626/1‑42 (MQ=255) cAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCaa > 1:1513852/1‑42 (MQ=255) cAACTTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCAtt < 1:2473511/69‑1 (MQ=255) cAAATTAATCACTCGAACCTATTTAATGCTGAGCATTGTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCAtt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |