| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,769,914 | G→A | 14.3% | A410T (GCC→ACC) | dgoT → | D‑galactonate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,769,914 | 0 | G | A | 14.3% | 109.2 / 9.0 | 42 | A410T (GCC→ACC) | dgoT | D‑galactonate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/18); new base A (2/4); total (20/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAATC > W3110S.gb/3769845‑3769981 | aCCGTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTccgc > 1:4039831/1‑71 (MQ=255) gTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGt > 1:3317768/1‑71 (MQ=255) cTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGtt < 1:3513310/71‑1 (MQ=255) ggCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct > 1:1788342/1‑70 (MQ=255) gcgcTGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTta < 1:3607677/71‑1 (MQ=255) gcgcAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:590837/69‑1 (MQ=255) gggTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATcc < 1:2788793/71‑1 (MQ=255) gggTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATcc < 1:2200186/71‑1 (MQ=255) gTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCct > 1:1322077/1‑70 (MQ=255) ttACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTgg < 1:2000660/51‑1 (MQ=255) ttACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTgg < 1:1327812/51‑1 (MQ=255) ttACGGTTTCGCACCTGCACCGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGa > 1:2864507/1‑47 (MQ=255) aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTta > 1:895600/1‑61 (MQ=255) aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctgct < 1:2027786/70‑1 (MQ=255) aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctg > 1:810138/1‑68 (MQ=255) aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctg > 1:3616895/1‑68 (MQ=255) aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCctg > 1:3555327/1‑68 (MQ=255) aCGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCACCGTCGCGTTGTTTGGCGCGCTCTCTTATATCctgct < 1:3922458/70‑1 (MQ=255) ccTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGAtgt < 1:2617221/71‑1 (MQ=255) cTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGAtgtg < 1:1925463/71‑1 (MQ=255) cACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGa < 1:12624/69‑1 (MQ=255) cACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAg > 1:2431088/1‑71 (MQ=255) aCTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGc < 1:2321182/61‑1 (MQ=255) aCTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGc < 1:2566620/61‑1 (MQ=255) aCTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGc < 1:1383641/61‑1 (MQ=255) gTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:1959019/39‑1 (MQ=255) gTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGctctct < 1:3560474/39‑1 (MQ=255) tttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGa < 1:2678738/63‑1 (MQ=255) tttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGGGa < 1:1749166/63‑1 (MQ=255) ttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATc > 1:2075243/1‑43 (MQ=255) ttATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTg > 1:94894/1‑71 (MQ=255) ttATATCTCCGCAGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTg > 1:2223591/1‑71 (MQ=255) tataTCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAg > 1:617521/1‑63 (MQ=255) tataTCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAg > 1:835792/1‑63 (MQ=255) tataTCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGt < 1:3739320/68‑1 (MQ=255) tataTCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGt < 1:629577/68‑1 (MQ=255) tatCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGc > 1:2438005/1‑70 (MQ=255) tatCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGc > 1:2362368/1‑70 (MQ=255) tatCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCt < 1:171536/71‑1 (MQ=255) tatCTCCACCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTg > 1:2624815/1‑68 (MQ=255) ctcCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTaa > 1:3214040/1‑70 (MQ=255) tcCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTggga > 1:4053089/1‑47 (MQ=255) tcCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAATc > 1:1471041/1‑71 (MQ=255) cgccgTCGCGTTGATTGGCCCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAATc < 1:3186409/69‑1 (MQ=255) | ACCGTTCCGCTGGTGGTGGGGTACCTGGCGCAGGGTTACGGTTTCGCACCTGCACTGGTTTATATCTCCGCCGTCGCGTTGATTGGCGCGCTCTCTTATATCCTGCTGGTGGGCGATGTGAAGCGCGTTGGCTAATC > W3110S.gb/3769845‑3769981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |