| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,867,919 | C→T | 14.6% | G73D (GGC→GAC) | mtlA ← | fused mannitol‑specific PTS enzyme IIABC components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,867,919 | 0 | C | T | 14.6% | 126.6 / 12.4 | 48 | G73D (GGC→GAC) | mtlA | fused mannitol‑specific PTS enzyme IIABC components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/16); new base T (3/4); total (28/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGATCATCGGCCCGACCAGCT > W3110S.gb/3867851‑3867988 | tCGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCgccgcc > 1:2765641/1‑70 (MQ=255)tCGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGTCt < 1:3979499/71‑1 (MQ=255)tCGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGTCt < 1:3106881/71‑1 (MQ=255)tCGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGTCt < 1:2397246/71‑1 (MQ=255)tCGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGTCt < 1:2258406/71‑1 (MQ=255) cGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTa > 1:1222969/1‑71 (MQ=255) cGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTa > 1:561111/1‑71 (MQ=255) cGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTa > 1:2208021/1‑71 (MQ=255) cGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTa > 1:1801972/1‑71 (MQ=255) ggCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTAc > 1:2046831/1‑71 (MQ=255) ggCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTAc > 1:2833114/1‑71 (MQ=255) aTGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGTCTACCAg > 1:1749823/1‑71 (MQ=255) tCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCt > 1:39293/1‑70 (MQ=255) tCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCt > 1:2872459/1‑70 (MQ=255) tCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCt > 1:3167163/1‑70 (MQ=255) tGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTa > 1:356481/1‑70 (MQ=255) acgaTAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGC‑‑CCTACCAGCTTACCACCGGtat < 1:3530790/71‑1 (MQ=255) gaTAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCt > 1:1139675/1‑59 (MQ=255) gaTAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGtat < 1:4043259/71‑1 (MQ=255) gaTAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGtat < 1:2460822/71‑1 (MQ=255) gaTAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGtat < 1:659898/71‑1 (MQ=255) gaTAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGtat < 1:687538/71‑1 (MQ=255) gaTAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGtat < 1:3118638/71‑1 (MQ=255) aTAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGt < 1:3894113/68‑1 (MQ=255) aaCGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAAc > 1:2026816/1‑71 (MQ=255) cGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCg < 1:2025415/71‑1 (MQ=255) cGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCg < 1:3364119/71‑1 (MQ=255) cGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCg < 1:1499441/71‑1 (MQ=255) cGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCg < 1:1494735/71‑1 (MQ=255) ccATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATc < 1:21439/71‑1 (MQ=255) ggtggtGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTac > 1:337699/1‑50 (MQ=255) ggtggtGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTac > 1:1327800/1‑50 (MQ=255) gtggtgATGGCACCGACTACGCCGCAACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATcagcag > 1:3740218/1‑71 (MQ=255) aTGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAg > 1:2871976/1‑71 (MQ=255) aTGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAg > 1:691968/1‑71 (MQ=255) cGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGAt < 1:4057168/52‑1 (MQ=255) gACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGAt > 1:3140556/1‑51 (MQ=255) gACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGAt > 1:274569/1‑51 (MQ=255) gACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGAt > 1:758574/1‑51 (MQ=255) aCTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATcag > 1:3373400/1‑53 (MQ=255) aCTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATcag > 1:1621502/1‑53 (MQ=255) cTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTg < 1:2617587/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGa > 1:980953/1‑70 (MQ=255) cgccgcCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGat < 1:2334848/70‑1 (MQ=255) cgccgcCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGat < 1:3649735/70‑1 (MQ=255) aCGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGATCATCGGcc > 1:542628/1‑71 (MQ=255) gTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGATCATCGGccc > 1:1629748/1‑70 (MQ=255) ttCGCCGTCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGATCATCGGCCCGa > 1:399286/1‑71 (MQ=255) ttCGCCGTCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGATCATCGGCCCGa > 1:2044625/1‑71 (MQ=255) cgccTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGATCATCGGCCCGACCAGc < 1:9593/71‑1 (MQ=255) cgccTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGATCATCGGCCCGACCAGc < 1:3611903/71‑1 (MQ=255) gccTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGATCATCGGCCCGACCAGCt > 1:2239180/1‑71 (MQ=255) | TCGGCATGTCTGCGCCGACGATAACGCCCATGGTGGTGATGGCACCGACTACGCCGCCACGTTCGCCGCCTACCAGCTTACCACCGGTATAACCGATCAGCAGCGGCAGGAGATAAGTGATCATCGGCCCGACCAGCT > W3110S.gb/3867851‑3867988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |