| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,958,682 | C→T | 40.4% | A69V (GCC→GTC) | yhjJ → | predicted zinc‑dependent peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,958,682 | 0 | C | T | 40.4% | 30.6 / 52.7 | 47 | A69V (GCC→GTC) | yhjJ | predicted zinc‑dependent peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/15); new base T (6/13); total (19/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
GCTGACCACCCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGT > W3110S.gb/3958614‑3958746 | gCTGACCACCCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGcc > 1:2608983/1‑70 (MQ=255) accaccCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAg < 1:3634018/71‑1 (MQ=255) accaccCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAg < 1:2452967/71‑1 (MQ=255) aGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACacaa > 1:399079/1‑68 (MQ=255) aGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACacaa > 1:1971516/1‑68 (MQ=255) aGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACacaa > 1:1911248/1‑68 (MQ=255) ccAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGt < 1:3783772/71‑1 (MQ=255) ccAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGt > 1:1838782/1‑71 (MQ=255) gCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGt < 1:673089/68‑1 (MQ=255) gCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGt < 1:1380996/68‑1 (MQ=255) gATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa > 1:1129123/1‑68 (MQ=255) gATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa > 1:2680065/1‑68 (MQ=255) gATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa > 1:1792594/1‑68 (MQ=255) aTCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGa < 1:2858129/46‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGa < 1:1124078/46‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGGTCGCTCGCCGa < 1:252545/46‑1 (MQ=255) cGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCa > 1:1231340/1‑71 (MQ=255) ttGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGcc < 1:1196195/71‑1 (MQ=255) ttGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGc < 1:1310017/70‑1 (MQ=255) gAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCa > 1:1780318/1‑70 (MQ=255) gAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGGCAt > 1:2144132/1‑71 (MQ=255) aaaTTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATc < 1:1260308/71‑1 (MQ=255) aaaTTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATc < 1:865201/71‑1 (MQ=255) aTTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:1975017/56‑1 (MQ=255) ttCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACacaaca < 1:3528814/46‑1 (MQ=255) tCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACa > 1:1641349/1‑56 (MQ=255) cGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCa > 1:803630/1‑59 (MQ=255) cGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACacaa > 1:200804/1‑42 (MQ=255) cGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACacaa > 1:165539/1‑42 (MQ=255) gCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCg < 1:2806255/70‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCg < 1:2343646/70‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGt < 1:2987853/71‑1 (MQ=255) gTTAATACCGGTTCCCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCt < 1:1951688/71‑1 (MQ=255) tACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:1881939/39‑1 (MQ=255) tACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:2930978/39‑1 (MQ=255) tACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:593876/39‑1 (MQ=255) tACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:2388586/39‑1 (MQ=255) tACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:589058/39‑1 (MQ=255) tACCGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTa < 1:497001/39‑1 (MQ=255) tACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTgc < 1:567902/63‑1 (MQ=255) tACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTgc < 1:954464/63‑1 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTaa > 1:17275/1‑66 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTa > 1:3950941/1‑57 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTgcgc > 1:2076866/1‑63 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:1592884/1‑70 (MQ=255) ccGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCa > 1:1726585/1‑70 (MQ=255) gTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGc < 1:3729945/71‑1 (MQ=255) gTTCGCTCGTCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGc < 1:660324/71‑1 (MQ=255) cgctcgcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCa > 1:3658607/1‑42 (MQ=255) cgctcgcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGt > 1:3118707/1‑71 (MQ=255) ctcgcCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGcc < 1:547531/39‑1 (MQ=255) | GCTGACCACCCCCCAGCGTCCCAGCGATCGTGTTGAAATTCGCCTGCTGGTTAATACCGGTTCGCTCGCCGAAAGTACACAACAGAGCGGTTACAGTCACGCCATCCCTCGTATTGCGCTAACGCAAAGCGGT > W3110S.gb/3958614‑3958746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |