| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,007,539 | G→A | 19.1% | pseudogene (367/393 nt) | yhiK → | ECK3474:JW5674:b3489; hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,007,539 | 0 | G | A | 19.1% | 106.1 / 17.1 | 47 | pseudogene (367/393 nt) | yhiK | ECK3474:JW5674:b3489; hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/15); new base A (6/3); total (29/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
TATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAATCCT > W3110S.gb/4007475‑4007601 | tattatGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTa < 1:1828886/71‑1 (MQ=255) ttatGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAg > 1:472446/1‑63 (MQ=255) ttatGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAg > 1:966001/1‑63 (MQ=255) atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTa > 1:2517682/1‑67 (MQ=255) atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAgttg > 1:2697734/1‑71 (MQ=255) atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAgttg > 1:2033392/1‑71 (MQ=255) atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAgttg > 1:1712432/1‑71 (MQ=255) atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAgtt < 1:3265172/70‑1 (MQ=255) gCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTa < 1:1606329/62‑1 (MQ=255) cTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTc < 1:3819754/70‑1 (MQ=255) aaaTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTa > 1:1388038/1‑59 (MQ=255) aaTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAAc > 1:2644747/1‑70 (MQ=255) aTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAAc < 1:3363664/69‑1 (MQ=255) ttCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTa > 1:592961/1‑70 (MQ=255) aaggaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa < 1:2717883/69‑1 (MQ=255) aagCACGTGATAAAAATAATAAAATGATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTc > 1:2468351/1‑70 (MQ=255) cACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCAt > 1:3134464/1‑70 (MQ=255) cGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa < 1:3597548/71‑1 (MQ=255) gATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATAc > 1:1986845/1‑71 (MQ=255) aTAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACg > 1:3060542/1‑71 (MQ=255) aaaataataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtg > 1:1966738/1‑71 (MQ=255) aaaataataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtg > 1:162972/1‑71 (MQ=255) aaataataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtgg < 1:3965645/71‑1 (MQ=255) ataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa > 1:3408112/1‑61 (MQ=255) ataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa > 1:2751454/1‑61 (MQ=255) taataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaaa > 1:1638458/1‑50 (MQ=255) taataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAAt > 1:1234133/1‑61 (MQ=255) taataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATa < 1:1219058/62‑1 (MQ=255) aataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAAc < 1:1009702/40‑1 (MQ=255) aataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACAtt < 1:3194257/46‑1 (MQ=255) aataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACAtt < 1:3569616/46‑1 (MQ=255) aataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCAt > 1:3995207/1‑56 (MQ=255) ataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCaa > 1:1393203/1‑38 (MQ=255) ataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCaa > 1:378688/1‑38 (MQ=255) taaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCaa < 1:3505218/37‑1 (MQ=255) taaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa > 1:4014487/1‑46 (MQ=255) aaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa > 1:1408769/1‑55 (MQ=255) aaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaaaa > 1:1259534/1‑46 (MQ=255) aaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaaaa > 1:985229/1‑46 (MQ=255) ataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCtttt < 1:1112350/71‑1 (MQ=255) taatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTa > 1:987652/1‑62 (MQ=255) taatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATg < 1:4044201/50‑1 (MQ=255) aatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCttttt > 1:204083/1‑70 (MQ=255) atTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATTAATACGGTGGTATGTCTTTTTaa < 1:3508453/71‑1 (MQ=255) atTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTaa < 1:2236286/71‑1 (MQ=255) tATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa > 1:2929747/1‑47 (MQ=255) tATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTaa > 1:3443745/1‑68 (MQ=255) tATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAATcc > 1:2962953/1‑71 (MQ=255) ttCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAATCCt < 1:1851095/70‑1 (MQ=255) | TATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAATCCT > W3110S.gb/4007475‑4007601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |