| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,280,356 | C→T | 6.3% | H432Y (CAT→TAT) | yjcC → | predicted signal transduction protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,280,356 | 0 | C | T | 6.3% | 245.5 / 5.3 | 79 | H432Y (CAT→TAT) | yjcC | predicted signal transduction protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/36); new base T (3/2); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
ATTCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACC > W3110S.gb/4280287‑4280424 | attCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCa > 1:394265/1‑71 (MQ=255)attCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCa > 1:3971503/1‑71 (MQ=255) tCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCAt > 1:2763038/1‑70 (MQ=255) tCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCAt > 1:2520938/1‑70 (MQ=255) tCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCAt > 1:1843007/1‑70 (MQ=255) cTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATaa > 1:2877697/1‑71 (MQ=255) gTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTc < 1:3433925/71‑1 (MQ=255) ttACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGaa > 1:473479/1‑66 (MQ=255) tACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCa > 1:539803/1‑60 (MQ=255) aCGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGa > 1:600105/1‑70 (MQ=255) cAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCa < 1:2071885/50‑1 (MQ=255) aaTTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAAt < 1:4024370/47‑1 (MQ=255) aTTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAAt < 1:1102971/46‑1 (MQ=255) ttGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATaa < 1:2560669/37‑1 (MQ=255) ttGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATaa < 1:557327/37‑1 (MQ=255) ttGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATaa < 1:3544878/37‑1 (MQ=255) ttGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTaa < 1:1796839/43‑1 (MQ=255) ttGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATc < 1:3984911/71‑1 (MQ=255) gatgatTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAAc > 1:2617036/1‑36 (MQ=255) gatgatTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAAc > 1:1922360/1‑36 (MQ=255) gatgatTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGa > 1:1117712/1‑71 (MQ=255) gatTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAAt > 1:3419557/1‑48 (MQ=255) atTTTGGTATTGGCTACTCTAACTAGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACaaa > 1:75713/1‑71 (MQ=255) tttGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATc > 1:3869554/1‑71 (MQ=255) tttGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATc > 1:3941162/1‑71 (MQ=255) ttGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGata > 1:3285996/1‑51 (MQ=255) ttGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAAt > 1:160188/1‑69 (MQ=255) gTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGtt < 1:1856296/70‑1 (MQ=255) tATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATc < 1:3303119/58‑1 (MQ=255) tATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATc < 1:707938/58‑1 (MQ=255) tATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATc < 1:1661496/58‑1 (MQ=255) tATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATc < 1:3011204/58‑1 (MQ=255) tATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACTAATCGtt < 1:137085/69‑1 (MQ=255) tATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTttg < 1:690850/71‑1 (MQ=255) tATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTttg < 1:3171487/71‑1 (MQ=255) tATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCCTttg < 1:2157343/71‑1 (MQ=255) ttGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTttgtt < 1:112452/71‑1 (MQ=255) ttGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTttgtt < 1:1388353/71‑1 (MQ=255) ttGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTttgtt < 1:3586960/71‑1 (MQ=255) ggCTACTCTAACTTGTATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTttgttg > 1:3433259/1‑70 (MQ=255) ggCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGa > 1:3174063/1‑56 (MQ=255) ggCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTttgttg > 1:4029421/1‑70 (MQ=255) gCTACTCTAACTTGTATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGa < 1:2449056/70‑1 (MQ=255) gCTACTCTAACTTGTATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGa < 1:2221854/70‑1 (MQ=255) gCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGa < 1:833762/70‑1 (MQ=255) ctctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGaaa < 1:1735532/46‑1 (MQ=255) tctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGat < 1:2901796/36‑1 (MQ=255) tctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGat < 1:99096/36‑1 (MQ=255) tctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGat < 1:60771/36‑1 (MQ=255) tctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGa < 1:902570/43‑1 (MQ=255) tctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACa < 1:3788730/52‑1 (MQ=255) tctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTttg < 1:3916300/61‑1 (MQ=255) ctAACTTGTATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCt > 1:1761545/1‑70 (MQ=255) ctAACTTGTATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGAC‑AATCGTTTGTTGAAACGCTGa > 1:1395631/1‑71 (MQ=255) ctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACaaa > 1:3519417/1‑53 (MQ=255) ctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACaaa > 1:3145594/1‑53 (MQ=255) ctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGaaa > 1:574838/1‑66 (MQ=255) ctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGaaa > 1:3249911/1‑66 (MQ=255) ctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCt > 1:3768300/1‑70 (MQ=255) ctAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCt > 1:1716634/1‑70 (MQ=255) tAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGaaa > 1:1002088/1‑65 (MQ=255) tAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGa > 1:2473279/1‑71 (MQ=255) aCTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACa > 1:3613663/1‑48 (MQ=255) aCTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGac > 1:4042136/1‑70 (MQ=255) aCTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGac > 1:2037324/1‑70 (MQ=255) aCTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGac > 1:2656904/1‑70 (MQ=255) aCTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGac > 1:931953/1‑70 (MQ=255) aCTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGac > 1:3785947/1‑70 (MQ=255) aCTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGac < 1:3216001/70‑1 (MQ=255) cTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTg < 1:1707505/67‑1 (MQ=255) cTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTg < 1:2061157/67‑1 (MQ=255) cTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGacca > 1:1127864/1‑71 (MQ=255) ttGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAAc < 1:2764928/62‑1 (MQ=255) ttGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGaccac > 1:2136145/1‑71 (MQ=255) ttGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGCTGAAAc < 1:521808/62‑1 (MQ=255) tGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGaccacc > 1:560805/1‑71 (MQ=255) gCATACCATTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGa < 1:2398051/35‑1 (MQ=37) gCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGaccacc > 1:131362/1‑70 (MQ=255) gCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGaccacc < 1:173564/70‑1 (MQ=255) | ATTCTGGCTTTCCGCCAGGCAGGTTACGAAGTGGCAATTGATGATTTTGGTATTGGCTACTCTAACTTGCATAACCTTAAATCATTGAATGTCGATATTTTGAAAATCGACAAATCGTTTGTTGAAACGCTGACCACC > W3110S.gb/4280287‑4280424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |