| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,326,669 | A→G | 41.2% | L145S (TTA→TCA) | phnF ← | transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,326,669 | 0 | A | G | 41.2% | 14.6 / 38.1 | 34 | L145S (TTA→TCA) | phnF | transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/9); new base G (9/5); total (20/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGCGAGCCGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGG > W3110S.gb/4326602‑4326732 | cAGCGAGCCGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTgaa > 1:3237470/1‑70 (MQ=255) gAGCCGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACagag > 1:902867/1‑71 (MQ=255) ccGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGTGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAgcgc < 1:2807253/71‑1 (MQ=255) tCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGcc > 1:1609863/1‑71 (MQ=255) tCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGcc < 1:4085006/71‑1 (MQ=255) gAAGCGTTGCAGCGTCGGGCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGt > 1:3389436/1‑71 (MQ=255) gAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGt > 1:1192019/1‑71 (MQ=255) gAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGt > 1:135361/1‑71 (MQ=255) gAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGt > 1:2923669/1‑71 (MQ=255) gAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGt > 1:1818354/1‑71 (MQ=255) aaGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGtt < 1:3258630/71‑1 (MQ=255) ttGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGc < 1:151003/62‑1 (MQ=255) gCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGAGCGAc > 1:899361/1‑58 (MQ=255) tCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAgg > 1:690846/1‑71 (MQ=255) tCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAgg > 1:3991370/1‑71 (MQ=255) tCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAgg > 1:2886075/1‑71 (MQ=255) ggCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGt > 1:2777865/1‑71 (MQ=255) gCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTg > 1:3254176/1‑71 (MQ=255) agagGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTgcgc < 1:3858183/71‑1 (MQ=255) agagGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTgcgc < 1:1886282/71‑1 (MQ=255) agagGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTgcgc < 1:414562/71‑1 (MQ=255) gggTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCa < 1:3218413/60‑1 (MQ=255) gggTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCa < 1:762935/60‑1 (MQ=255) gTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTg < 1:1037170/71‑1 (MQ=255) aGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGAt > 1:2611927/1‑71 (MQ=255) gTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGa < 1:168987/71‑1 (MQ=255) ccGCGAAGTAGTGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACg > 1:1855237/1‑71 (MQ=255) cgcgATGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGt > 1:2831767/1‑71 (MQ=255) cgcgAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGt > 1:2000757/1‑54 (MQ=255) cgcgAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGt > 1:2195280/1‑54 (MQ=255) agtagtGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCa < 1:2024951/45‑1 (MQ=255) gtagtGGTCGATTGAACAGAGCGCGACGCCGTTGaca < 1:2062094/37‑1 (MQ=255) tagtGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTgcg < 1:3402707/50‑1 (MQ=255) gtGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCt > 1:2573098/1‑71 (MQ=255) gTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCgg > 1:2647448/1‑71 (MQ=255) | CAGCGAGCCGCTGTCGAAGCGTTGCAGCGTCGGCCAGAGGGTGAGGTCCGCGAAGTAGTGGTCGATTAAACAGAGCGCGACGCCGTTGACACGACGCAGGGTGCGCAGGTGGATGACGTTCTCCCCCTCGG > W3110S.gb/4326602‑4326732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |