| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,453,455 | G→A | 10.8% | A28T (GCT→ACT) | chpB → | toxin of the ChpB‑ChpS toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,453,455 | 0 | G | A | 10.8% | 105.4 / 3.1 | 37 | A28T (GCT→ACT) | chpB | toxin of the ChpB‑ChpS toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/19); new base A (2/2); total (16/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGTGAATTTGAACGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCA > W3110S.gb/4453385‑4453524 | aaGTGAATTTGAACGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTg > 1:2111425/1‑71 (MQ=255) ttGAACGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGa > 1:2399169/1‑71 (MQ=255) tGAACGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGa < 1:2558915/70‑1 (MQ=255) tGAACGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGa < 1:2494549/70‑1 (MQ=255) tGAACGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGAc > 1:260981/1‑71 (MQ=255) agaCATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTtg > 1:2884508/1‑71 (MQ=255) agaCATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTtg < 1:1458015/71‑1 (MQ=255) agaCATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTtg > 1:2660328/1‑71 (MQ=255) agaCATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTtg > 1:2015667/1‑71 (MQ=255) gaCATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTtg < 1:2679104/70‑1 (MQ=255) gaCATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTACTGGTCGACCTGCGCTtgt > 1:3978046/1‑71 (MQ=255) gaCATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATCAACAGCAAGGTACTGGTCGACCTGCGCTtgt > 1:859654/1‑71 (MQ=255) gtgCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCtctc > 1:3228967/1‑71 (MQ=255) tgCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTcc < 1:2536838/71‑1 (MQ=255) gTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTc > 1:3210487/1‑70 (MQ=255) gCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGcc > 1:3780884/1‑71 (MQ=255) gCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGc < 1:589971/70‑1 (MQ=255) gCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGc < 1:2158105/70‑1 (MQ=255) gCTTAGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTtgtg > 1:3954177/1‑56 (MQ=255) cTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCt < 1:194505/71‑1 (MQ=255) tGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCtt < 1:1091877/69‑1 (MQ=255) aTCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCTACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCttt < 1:3549930/68‑1 (MQ=255) aTCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCttt < 1:3204764/68‑1 (MQ=255) tCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATc < 1:2205451/71‑1 (MQ=255) cAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGa < 1:3928618/35‑1 (MQ=255) aTGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAAt < 1:3889400/67‑1 (MQ=255) tGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCttt < 1:440112/52‑1 (MQ=255) tGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCttt < 1:1769293/52‑1 (MQ=255) aaCAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCaa > 1:1275101/1‑56 (MQ=255) aaCAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCt < 1:3428320/70‑1 (MQ=255) cAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATc < 1:1291374/49‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGccc > 1:3636327/1‑71 (MQ=255) ggTACTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATTAc < 1:1734850/59‑1 (MQ=255) ggTACTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGAc < 1:2361175/59‑1 (MQ=255) tGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCa < 1:1112944/71‑1 (MQ=255) tGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCa > 1:2771678/1‑71 (MQ=255) tGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCa > 1:474286/1‑71 (MQ=255) tGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCa > 1:2767042/1‑71 (MQ=255) | AAGTGAATTTGAACGGGGAGACATTGTGCTGGTTGGCTTTGATCCAGCAAGCGGCCATGAACAGCAAGGTGCTGGTCGACCTGCGCTTGTGCTCTCCGTTCAAGCCTTTAATCAACTGGGAATGACGCTGGTGGCCCCCA > W3110S.gb/4453385‑4453524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |