| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,547,129 | G→A | 12.6% | M137I (ATG→ATA) | fimE → | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,547,129 | 0 | G | A | 12.6% | 242.4 / 22.0 | 87 | M137I (ATG→ATA) | fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/27); new base A (5/6); total (54/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
CCTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATCTCG > W3110S.gb/4547065‑4547199 | ccTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAgg > 1:642002/1‑71 (MQ=255)ccTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAgg > 1:3061534/1‑71 (MQ=255) cTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGc < 1:1995107/71‑1 (MQ=255) tCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGtt < 1:203792/63‑1 (MQ=255) tCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATg > 1:2507987/1‑71 (MQ=255) tCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATg > 1:2050644/1‑71 (MQ=255) gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:2772194/1‑71 (MQ=255) gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:871010/1‑71 (MQ=255) gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:588267/1‑71 (MQ=255) gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:506777/1‑71 (MQ=255) gCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCt > 1:2299647/1‑71 (MQ=255) ttattCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCAt < 1:3379005/65‑1 (MQ=255) attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTaa > 1:2124594/1‑58 (MQ=255) attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTaa > 1:1415375/1‑58 (MQ=255) attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCgg > 1:1282784/1‑71 (MQ=255) attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCgg > 1:1250691/1‑71 (MQ=255) attCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCgg > 1:1749788/1‑71 (MQ=255) ttCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGt > 1:837858/1‑71 (MQ=255) cgATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:1202650/71‑1 (MQ=255) cgATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:242291/71‑1 (MQ=255) cgATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:2129896/71‑1 (MQ=255) aTGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:3379222/69‑1 (MQ=255) tGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGa < 1:2540823/69‑1 (MQ=255) ccGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAg > 1:397864/1‑49 (MQ=255) cGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTgg < 1:1634688/71‑1 (MQ=255) aTTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGc > 1:2432952/1‑46 (MQ=255) aTTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCAt > 1:352365/1‑48 (MQ=255) aTTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCAt > 1:2616176/1‑48 (MQ=255) aTTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCAt > 1:3085772/1‑48 (MQ=255) ttGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:1503855/60‑1 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTa > 1:607804/1‑39 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCg > 1:645393/1‑71 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGaa > 1:3141048/1‑60 (MQ=255) gAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGaa > 1:3578693/1‑60 (MQ=255) aaGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgt < 1:1992871/71‑1 (MQ=255) aaGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCg < 1:2799759/70‑1 (MQ=255) aGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgt < 1:2476629/70‑1 (MQ=255) gCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATGTGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:208107/1‑71 (MQ=255) gCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:2194333/1‑71 (MQ=255) gCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:3980538/1‑71 (MQ=255) cTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:3902031/1‑71 (MQ=255) cTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:1611797/1‑71 (MQ=255) cTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:1914573/1‑71 (MQ=255) tGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAAtt > 1:1512985/1‑57 (MQ=255) gAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCa < 1:1374728/71‑1 (MQ=255) gAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCa < 1:1787117/71‑1 (MQ=255) gAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCa < 1:4059056/71‑1 (MQ=255) aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:3421769/71‑1 (MQ=255) aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:2957003/71‑1 (MQ=255) aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:1288665/71‑1 (MQ=255) aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:717675/71‑1 (MQ=255) aCCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:193434/71‑1 (MQ=255) ccGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATg < 1:1726446/48‑1 (MQ=255) ccGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa > 1:492980/1‑70 (MQ=255) gTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATa > 1:3239122/1‑70 (MQ=255) gTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGAGTGGTGCAGATAc > 1:3002902/1‑71 (MQ=255) aaCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTc > 1:856853/1‑71 (MQ=255) aCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:394224/1‑59 (MQ=255) aCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtgg > 1:1841668/1‑59 (MQ=255) aCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtg > 1:3622733/1‑58 (MQ=255) aCGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtg > 1:2780391/1‑58 (MQ=255) gCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa < 1:3612996/63‑1 (MQ=255) aGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTa < 1:3542797/71‑1 (MQ=255) gACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTaa < 1:1943607/71‑1 (MQ=255) aTCCTCATATGTTAAGGGATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg < 1:1247698/71‑1 (MQ=255) aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGaa > 1:2994386/1‑35 (MQ=255) aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg < 1:3291409/71‑1 (MQ=255) aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg < 1:717061/71‑1 (MQ=255) aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:4064865/1‑71 (MQ=255) aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:3256195/1‑71 (MQ=255) aTCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGAGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:2700292/1‑71 (MQ=255) aTCCTCATATATTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg < 1:1756438/71‑1 (MQ=255) tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtg < 1:3102135/47‑1 (MQ=255) tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtg < 1:113588/47‑1 (MQ=255) tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:2799806/1‑70 (MQ=255) tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:3913823/1‑70 (MQ=255) tCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAg > 1:2687707/1‑70 (MQ=255) ccTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGa > 1:1518819/1‑71 (MQ=255) cTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCgg > 1:380490/1‑39 (MQ=255) cTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCgtggt > 1:1323150/1‑47 (MQ=255) cTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAt > 1:2749017/1‑71 (MQ=255) cTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAt > 1:1671261/1‑71 (MQ=255) cATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATAATCGTTTAATTCAGGATTa > 1:273240/1‑71 (MQ=255) atatGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAtt < 1:1940924/69‑1 (MQ=255) atatGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATAAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGAtt < 1:612860/69‑1 (MQ=255) tGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa > 1:570629/1‑46 (MQ=255) tGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGa > 1:1550724/1‑46 (MQ=255) gTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATCTCg > 1:707593/1‑71 (MQ=255) | CCTATCGCATTATTCGCGATGCCGGTATTGAAGCTGGAACCGTAACGCAGACTCATCCTCATATGTTAAGGCATGCTTGCGGTTATGAATTGGCGGAGCGTGGTGCAGATACTCGTTTAATTCAGGATTATCTCG > W3110S.gb/4547065‑4547199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |