| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 379,608 | G→A | 23.7% | I153I (ATC→ATT) | yaiO ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 379,608 | 0 | G | A | 23.7% | 146.0 / 44.6 | 76 | I153I (ATC→ATT) | yaiO | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/29); new base A (6/12); total (35/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
GCACGGAAATCATATTGCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTAATATTT > W3110S.gb/379538‑379676 | gCACGGAAATCATATTGCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTtgtg < 1:2384191/71‑1 (MQ=255) aCGGAAATCATATTTCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGAt < 1:2866861/71‑1 (MQ=255) aaTCATATTGCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAAt > 1:1652970/1‑66 (MQ=255) tCATATTGCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTg < 1:802831/62‑1 (MQ=255) aatatTGCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCa > 1:4073707/2‑65 (MQ=255) atatTGCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCAc > 1:3825308/1‑65 (MQ=255) atatTGCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGc > 1:1398274/1‑70 (MQ=255) ttGCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAg < 1:1296521/70‑1 (MQ=255) gCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGta > 1:547978/1‑70 (MQ=255) cTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGtata < 1:1967031/71‑1 (MQ=255) cTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGtata < 1:316816/71‑1 (MQ=255) cTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGtata < 1:2220441/71‑1 (MQ=255) taACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGTATaga < 1:2902611/70‑1 (MQ=255) aCTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTg > 1:3763577/1‑49 (MQ=255) aCTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCAc > 1:1076242/1‑54 (MQ=255) aCTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGt > 1:1594077/1‑70 (MQ=255) aCTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGt > 1:3756341/1‑70 (MQ=255) aCTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGt > 1:1170907/1‑70 (MQ=255) aCTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGt > 1:3816669/1‑70 (MQ=255) aCTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGTATAGAGTg < 1:1839199/71‑1 (MQ=255) aCTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGTATAGAGTg < 1:1843883/71‑1 (MQ=255) cTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGTATAGAGTGa < 1:2150173/71‑1 (MQ=255) accaccTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGa > 1:2320524/1‑69 (MQ=255) accaccTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGa > 1:2514233/1‑69 (MQ=255) accaccTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGa > 1:1823328/1‑69 (MQ=255) accaccTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGa > 1:998606/1‑69 (MQ=255) ccTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGta < 1:1237663/57‑1 (MQ=255) cTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGtata < 1:1133597/58‑1 (MQ=255) tGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGtata > 1:1764889/1‑57 (MQ=255) tGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGtata > 1:640303/1‑57 (MQ=255) gCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATc > 1:925011/1‑42 (MQ=255) gCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCa > 1:1530909/1‑43 (MQ=255) gCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCAc > 1:481426/1‑44 (MQ=255) gCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCAc > 1:1769268/1‑44 (MQ=255) gCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCAc > 1:2124937/1‑44 (MQ=255) gCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACgccgcc > 1:14055/1‑71 (MQ=255) cATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATAcgccgc < 1:1391290/69‑1 (MQ=255) cATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATAcgccgc < 1:2682479/69‑1 (MQ=255) aTCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGt < 1:267976/58‑1 (MQ=255) aTCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCtt < 1:2578814/71‑1 (MQ=255) tCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGtata < 1:626121/53‑1 (MQ=255) tCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATc < 1:942164/39‑1 (MQ=255) cGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGtata < 1:294207/52‑1 (MQ=255) gCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGtat > 1:697463/1‑50 (MQ=255) gCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATaga > 1:2171306/1‑53 (MQ=255) gCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGcc < 1:3494156/71‑1 (MQ=255) gCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGc > 1:3729833/1‑70 (MQ=255) gCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCAc > 1:444396/1‑39 (MQ=255) gCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGTATaga > 1:2383883/1‑53 (MQ=255) ggAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGa < 1:632488/54‑1 (MQ=255) gAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGTATAGACTGATACGCCGCCTTGCCAgg < 1:3302247/70‑1 (MQ=255) tCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAg < 1:3771688/40‑1 (MQ=255) tCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATag < 1:4036763/45‑1 (MQ=255) tCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATc > 1:3364366/1‑71 (MQ=255) aTAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGc > 1:1850511/1‑61 (MQ=255) aTAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGACAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGa > 1:1104738/1‑71 (MQ=255) aTGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATa > 1:1444387/1‑47 (MQ=255) gTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGa < 1:1238553/70‑1 (MQ=255) tataGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGcc < 1:755017/54‑1 (MQ=255) tataGCGGTAGCTGGTAATCACCGGGCCAGTATaga < 1:2702218/36‑1 (MQ=255) taGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCtt < 1:2469188/49‑1 (MQ=255) taGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCtt < 1:2736620/49‑1 (MQ=255) taGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGAcatc < 1:1406560/71‑1 (MQ=255) taGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGAcatc < 1:1909661/71‑1 (MQ=255) taGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGAcatc < 1:1836841/71‑1 (MQ=255) gCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGc > 1:237879/1‑49 (MQ=255) gCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGc > 1:3943304/1‑49 (MQ=255) gCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGAcatca < 1:696351/70‑1 (MQ=255) gCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGAcatca < 1:3894864/70‑1 (MQ=255) gCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCAAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGc > 1:3224171/1‑49 (MQ=255) gCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTaa < 1:1819536/70‑1 (MQ=255) gCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTaa < 1:3358744/70‑1 (MQ=255) gCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTAat < 1:1868132/71‑1 (MQ=255) gCTGGTAATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTaa < 1:389768/70‑1 (MQ=255) gCTGGTAATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTaa < 1:3817457/70‑1 (MQ=255) gTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTAATAttt < 1:754465/71‑1 (MQ=255) gTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTAATAttt < 1:1390854/71‑1 (MQ=255) gTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTAATAtt > 1:2783723/1‑70 (MQ=255) gTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTCATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTAATAttt < 1:197637/71‑1 (MQ=255) | GCACGGAAATCATATTGCTATAACTACCACCTGCATCGCTGGAGTCATAATGGGTATAGCGGTAGCTGGTGATCACCGGGCCAGTATAGAGTGATACGCCGCCTTGCCAGGCATCGACTTCGACATCATCGTAATATTT > W3110S.gb/379538‑379676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |