| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 483,191 | T→C | 27.8% | D146G (GAT→GGT) | acrB ← | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 483,191 | 0 | T | C | 27.8% | 80.4 / 39.2 | 54 | D146G (GAT→GGT) | acrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/22); new base C (8/7); total (25/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
CGTACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTTG > W3110S.gb/483121‑483255 | cGTACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCAt < 1:655384/71‑1 (MQ=255) aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2726102/71‑1 (MQ=255) aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:940476/71‑1 (MQ=255) aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:891717/71‑1 (MQ=255) aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3982295/71‑1 (MQ=255) aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:3014385/71‑1 (MQ=255) aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2275073/71‑1 (MQ=255) aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:1393139/71‑1 (MQ=255) aTGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGAt < 1:695971/71‑1 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:598430/1‑71 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:3063751/1‑71 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:925293/1‑71 (MQ=255) tttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:1224853/1‑71 (MQ=255) ttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGgtg > 1:160227/1‑57 (MQ=255) ttCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:851434/1‑70 (MQ=255) tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGcc < 1:3252730/67‑1 (MQ=255) tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGcc < 1:258475/67‑1 (MQ=255) tCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTAATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGAc > 1:2312719/1‑70 (MQ=255) cATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTG‑‑AACGCCGAc < 1:2829899/67‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCAt > 1:80216/1‑71 (MQ=255) cgccgcCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCAt > 1:2166326/1‑69 (MQ=255) gccgccACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAg < 1:1788467/71‑1 (MQ=255) cgccACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAgg > 1:2548702/1‑70 (MQ=255) aCGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGAt < 1:2150815/47‑1 (MQ=255) gTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgcttc < 1:1643407/71‑3 (MQ=255) gTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgctgc < 1:3607716/71‑1 (MQ=255) gTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgctgc < 1:865151/71‑1 (MQ=255) gTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgctgc < 1:2017280/71‑1 (MQ=255) gTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGctgctg > 1:1739727/1‑70 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:1107529/1‑41 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:1324198/1‑41 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:1916987/1‑41 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:2910323/1‑41 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATaa > 1:2239082/1‑41 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAAc > 1:277621/1‑51 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat > 1:346921/1‑70 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat > 1:3700992/1‑70 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat > 1:699336/1‑70 (MQ=255) ggAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat > 1:1561410/1‑70 (MQ=255) tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCa < 1:3843757/46‑1 (MQ=255) tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCa < 1:2920200/46‑1 (MQ=255) tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCa < 1:263291/46‑1 (MQ=255) tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:3190207/71‑1 (MQ=255) tcctccTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:1400002/71‑1 (MQ=255) cctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:3356560/70‑1 (MQ=255) cctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:2384639/70‑1 (MQ=255) cctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTtctc < 1:2059169/70‑1 (MQ=255) ctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:2119588/1‑38 (MQ=255) ctcctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGa > 1:1107647/1‑38 (MQ=255) ctGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGc > 1:3916843/1‑71 (MQ=255) ctGCGTCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAgc < 1:1327510/50‑1 (MQ=255) tCATGGTGCCACCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGgat < 1:3258443/53‑1 (MQ=255) ggTGGCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCtt > 1:3863682/1‑71 (MQ=255) gTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAATCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTtg < 1:1533408/71‑1 (MQ=255) gTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTtg < 1:2254183/71‑1 (MQ=255) | CGTACGGCTGATGGCATCTTTCATATTCGCCGCCACGTAGTCGGAGATATCCTCCTGCGTCATGGTGCCATCGGTGTTGATAACGCCGACAACCATCAGGAAGCTGCTGGATGATTTCTCAACGCTCACCCCTTG > W3110S.gb/483121‑483255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |