| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 812,334 | C→A | 25.0% | R131S (CGC→AGC) | bioC → | predicted methltransferase, enzyme of biotin synthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 812,334 | 0 | C | A | 25.0% | 63.1 / 9.9 | 28 | R131S (CGC→AGC) | bioC | predicted methltransferase, enzyme of biotin synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/8); new base A (2/5); total (15/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
TGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCGAACTGCATCAGGCGTG > W3110S.gb/812265‑812401 | tGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTgcg > 1:80316/1‑71 (MQ=255)tGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTgcg > 1:4002541/1‑71 (MQ=255)tGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTgcg > 1:2438546/1‑71 (MQ=255)tGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTgc > 1:3519998/1‑70 (MQ=255) gAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTgcg > 1:66606/1‑69 (MQ=255) gAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTgcg > 1:3905923/1‑69 (MQ=255) tcGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGc > 1:3729334/1‑71 (MQ=255) tcGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTCTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGc > 1:1475193/1‑71 (MQ=255) gcagtgcagtGGTGCTGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAgg < 1:870201/68‑1 (MQ=255) cagtgGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTcgc < 1:937735/71‑1 (MQ=255) cagtgGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTcgc > 1:3721847/1‑71 (MQ=255) agtgGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTcgcg < 1:2481170/71‑1 (MQ=255) gTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACg > 1:1229691/1‑71 (MQ=255) gTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGAGcccc < 1:863097/47‑1 (MQ=255) gTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGAGcccc < 1:526623/47‑1 (MQ=255) gTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGAGcccc < 1:2213274/47‑1 (MQ=255) aTTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTg > 1:629845/1‑71 (MQ=255) cACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGt > 1:117853/1‑45 (MQ=255) cACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGt > 1:1752112/1‑45 (MQ=255) cACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGt > 1:3525124/1‑45 (MQ=255) cACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAgg > 1:2388810/1‑71 (MQ=255) tCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGtt < 1:3007662/70‑1 (MQ=255) ccGCGAGCTGTATCGGGTGGTGAGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTAc > 1:3432806/1‑71 (MQ=255) ccGCGAGCTGTATCGGGTGGTGAGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTAc > 1:684989/1‑71 (MQ=255) cgcgAGCTGTATCGGGTGGTGAGCCCCAAAGGCGTGGGCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTa < 1:2390854/69‑1 (MQ=255) cgAGCTGTATCGGGTGGTGAGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCg < 1:1303455/71‑1 (MQ=255) gAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCGa < 1:2677245/71‑1 (MQ=255) gAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCGa < 1:2881082/71‑1 (MQ=255) cTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCGAACt > 1:845917/1‑71 (MQ=255) tCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTAcc > 1:3170163/1‑60 (MQ=255) tCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCGAACTGCAt < 1:1792374/70‑1 (MQ=255) tCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCGAACTGCAt < 1:3118554/70‑1 (MQ=255) gtgCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCGAACTGCATCAGGCGTg > 1:3377931/1‑71 (MQ=255) gtgCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCGAACTGCATCAGGCGTg > 1:1343510/1‑71 (MQ=255) | TGGAGCAATCTCGCAGTGCAGTGGTGCGGTAATTTATCCACGGCACTCCGCGAGCTGTATCGGGTGGTGCGCCCCAAAGGCGTGGTCGCGTTTACCACGCTGGTGCAGGGATCGTTACCCGAACTGCATCAGGCGTG > W3110S.gb/812265‑812401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |