| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 848,718 | A→G | 34.8% | intergenic (‑292/+112) | glnH ← / ← dps | glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 848,718 | 0 | A | G | 34.8% | 43.8 / 44.6 | 46 | intergenic (‑292/+112) | glnH/dps | glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/12); new base G (3/13); total (21/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGG > W3110S.gb/848648‑848782 | aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATa < 1:1229429/71‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATa < 1:1528899/71‑1 (MQ=255) aaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAg > 1:94539/1‑70 (MQ=255) aaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAg > 1:859678/1‑70 (MQ=255) aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCa < 1:3354370/71‑1 (MQ=255) aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa < 1:991633/71‑1 (MQ=255) aaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTGCTTAATCAGCTGGAGATAg > 1:994413/1‑68 (MQ=255) aaTCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatg < 1:2340925/71‑1 (MQ=255) aaTCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatg < 1:3604896/71‑1 (MQ=255) aaTCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatg < 1:651370/71‑1 (MQ=255) aaTCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatg < 1:369037/71‑1 (MQ=255) tATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatggatg < 1:950703/69‑1 (MQ=255) tATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAgatggatg < 1:4075753/69‑1 (MQ=255) tAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTa < 1:3623670/70‑1 (MQ=255) aCGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTaaa > 1:1221529/1‑70 (MQ=255) cGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:1894289/71‑1 (MQ=255) ttGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATaa > 1:379426/1‑69 (MQ=255) gtgtgATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCAc > 1:926684/1‑60 (MQ=255) gtgtgATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCAc > 1:1953947/1‑60 (MQ=255) gtgtgATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCAc > 1:3381378/1‑60 (MQ=255) gatgatGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCa > 1:3242227/1‑55 (MQ=255) atgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGt > 1:3799589/1‑71 (MQ=255) atgTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGt > 1:3518746/1‑71 (MQ=255) tgtgGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:2721962/57‑1 (MQ=255) tgGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGa < 1:2874087/65‑1 (MQ=255) aTACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTa < 1:2485291/48‑1 (MQ=255) aTACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:2054481/52‑1 (MQ=255) aTACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:2308294/52‑1 (MQ=255) aTACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:3817955/52‑1 (MQ=255) aTACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:2433148/52‑1 (MQ=255) aTACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:2692811/52‑1 (MQ=255) aTACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATa < 1:2965051/52‑1 (MQ=255) aTACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAAt < 1:1231117/51‑1 (MQ=255) aCAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTaaa > 1:3465503/1‑48 (MQ=255) aCAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGc > 1:2667990/1‑70 (MQ=255) aCAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGc > 1:776016/1‑70 (MQ=255) aCAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGc > 1:2329901/1‑70 (MQ=255) cAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGc < 1:2023943/54‑1 (MQ=255) aaaaaTTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGc < 1:3375313/52‑1 (MQ=255) aTTTACTTAATCAGCTGGAGATGGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaa < 1:3892676/70‑1 (MQ=255) aaTCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAgg > 1:458570/1‑47 (MQ=255) aaTCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAgg > 1:2320930/1‑47 (MQ=255) aGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGt > 1:3778322/1‑38 (MQ=255) aGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGt > 1:4046813/1‑38 (MQ=255) aGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGt > 1:2528277/1‑38 (MQ=255) gCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTc < 1:6310/71‑1 (MQ=255) gCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTc < 1:3819823/71‑1 (MQ=255) agaTAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAgg > 1:2628604/1‑69 (MQ=255) | AAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGG > W3110S.gb/848648‑848782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |