| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 897,644 | T→G | 19.1% | W47G (TGG→GGG) | potI → | putrescine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 897,644 | 0 | T | G | 19.1% | 59.9 / 21.9 | 42 | W47G (TGG→GGG) | potI | putrescine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/24); new base G (5/3); total (15/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
CGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAA > W3110S.gb/897577‑897707 | cgcgCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGt > 1:2931891/1‑71 (MQ=255) atgctgatgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTc < 1:2602525/65‑1 (MQ=255) gctgatgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCaa > 1:154680/1‑65 (MQ=255) ctgatgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCt < 1:3665738/70‑1 (MQ=255) gatgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGGCGGCTGGTCAACGCGCTgg > 1:3580011/1‑70 (MQ=255) atgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTgg < 1:1313306/69‑1 (MQ=255) atgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTgg < 1:3037572/69‑1 (MQ=255) atgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTgg < 1:2880476/69‑1 (MQ=255) tgctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTa < 1:1051486/70‑1 (MQ=255) gctgGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTa < 1:637606/69‑1 (MQ=255) ggTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCAACGCGCTGGTATGGt > 1:2933391/1‑70 (MQ=255) gTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGt < 1:2068366/69‑1 (MQ=255) aTCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTa > 1:189802/1‑62 (MQ=255) aTCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGt < 1:3346242/70‑1 (MQ=255) aTCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGt > 1:1472744/1‑70 (MQ=255) aTCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGt > 1:3538244/1‑70 (MQ=255) cTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTAt > 1:1738963/1‑71 (MQ=255) ttCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTAt < 1:3855453/68‑1 (MQ=255) ttCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTAt < 1:793624/68‑1 (MQ=255) ttCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTAt < 1:1340143/68‑1 (MQ=255) ttCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTAt < 1:1322017/68‑1 (MQ=255) ttCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTAt < 1:788849/68‑1 (MQ=255) ttCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTg > 1:3824350/1‑70 (MQ=255) cGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTgcgc > 1:1620828/1‑71 (MQ=255) cGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTgcgc > 1:2200619/1‑71 (MQ=255) tttAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCaa < 1:2979338/43‑1 (MQ=255) tAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgat < 1:992151/70‑1 (MQ=255) tAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgat < 1:3478685/70‑1 (MQ=255) tAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgat < 1:3019476/70‑1 (MQ=255) aCAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGt < 1:2996874/57‑1 (MQ=255) aCAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCGGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGt < 1:1515538/57‑1 (MQ=255) aGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgatgacgc < 1:196169/71‑1 (MQ=255) cTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGctcgatgacgcga > 1:464887/1‑71 (MQ=255) aaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCgatgat < 1:3444072/71‑1 (MQ=255) aaGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCgatgat < 1:830324/71‑1 (MQ=255) tGGTGACGGTGTTGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTg < 1:3155533/42‑1 (MQ=255) tGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTg < 1:2423527/42‑1 (MQ=255) gACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAg > 1:3570559/1‑66 (MQ=255) gtgtGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTgcgc < 1:3067614/45‑1 (MQ=255) gtgGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCggttggtt > 1:2840218/1‑71 (MQ=255) gtgGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCggttggtt > 1:1541937/1‑71 (MQ=255) ggCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTaa < 1:3091357/71‑1 (MQ=255) | CGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAA > W3110S.gb/897577‑897707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |