| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,051,238 | T→C | 9.7% | intergenic (+286/+147) | insB → / ← cspH | IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,051,238 | 0 | T | C | 9.7% | 106.5 / 4.4 | 41 | intergenic (+286/+147) | insB/cspH | IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/18); new base C (2/2); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
AGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAA > W3110S.gb/1051169‑1051308 | aGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGtt > 1:2406605/1‑70 (MQ=255)aGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGtt > 1:3185714/1‑70 (MQ=255)aGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:2166589/71‑1 (MQ=255)aGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTCGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:4081857/71‑1 (MQ=255) ggAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTaa < 1:940921/71‑1 (MQ=255) aaaTTGTTACGAAATCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAAt > 1:3083559/1‑71 (MQ=255) aaaTTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:2337730/68‑1 (MQ=255) aaaTTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTa < 1:620200/68‑1 (MQ=255) aCGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTta > 1:928755/1‑71 (MQ=255) cGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTtat < 1:2163769/71‑1 (MQ=255) cGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTtat < 1:1141558/71‑1 (MQ=255) aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTaaa > 1:882569/1‑50 (MQ=255) aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTtata > 1:3956262/1‑61 (MQ=255) aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGt > 1:2593613/1‑71 (MQ=255) aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGt > 1:446299/1‑71 (MQ=255) aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGt > 1:2809564/1‑71 (MQ=255) aattaTTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGt > 1:23538/1‑71 (MQ=255) attGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATaa > 1:3439321/1‑58 (MQ=255) attGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATaa > 1:2526447/1‑58 (MQ=255) ttgGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:427590/70‑1 (MQ=255) ttgGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:732776/70‑1 (MQ=255) ttgGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga < 1:3437241/70‑1 (MQ=255) ggTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGata < 1:1328107/70‑1 (MQ=255) atatAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCg < 1:184393/70‑1 (MQ=255) gTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTaaa > 1:678746/1‑71 (MQ=255) gTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTa < 1:2304916/69‑1 (MQ=255) tCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATg < 1:3194314/70‑1 (MQ=255) tCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATg < 1:4045378/70‑1 (MQ=255) aGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGAtt < 1:3413088/71‑1 (MQ=255) aGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGAtt < 1:3890716/71‑1 (MQ=255) aGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGAtt < 1:658543/71‑1 (MQ=255) gTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTa < 1:852051/71‑1 (MQ=255) aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAg > 1:3297812/1‑38 (MQ=255) aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAg > 1:4031959/1‑38 (MQ=255) aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAg > 1:1758658/1‑38 (MQ=255) aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTc > 1:2577727/1‑71 (MQ=255) aCTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTc > 1:928384/1‑71 (MQ=255) cTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCt > 1:806459/1‑71 (MQ=255) ataACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCttt > 1:2589123/1‑71 (MQ=255) ataACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCttt > 1:2546384/1‑71 (MQ=255) taACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:514194/1‑71 (MQ=255) gCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTgg > 1:992018/1‑68 (MQ=255) gTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTa < 1:2129326/44‑1 (MQ=255) ttAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTa < 1:3312106/52‑1 (MQ=255) ttAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTa < 1:963903/52‑1 (MQ=255) ttAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGt > 1:1214109/1‑70 (MQ=255) tAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTaa > 1:3050517/1‑71 (MQ=255) | AGGAAATTGTTACGAAAGCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAA > W3110S.gb/1051169‑1051308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |