| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,224,639 | A→G | 11.9% | intergenic (‑143/‑403) | ymgG ← / → ymgH | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,224,639 | 0 | A | G | 11.9% | 147.7 / 12.4 | 59 | intergenic (‑143/‑403) | ymgG/ymgH | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/25); new base G (5/2); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
ATTAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAA > W3110S.gb/1224580‑1224709 | aTTAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtat > 1:464857/1‑70 (MQ=255) ttAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAGcgctcgc < 1:3502510/66‑1 (MQ=255) ttAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtatta > 1:1534814/1‑71 (MQ=255) aagtaagtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtattat > 1:256121/1‑70 (MQ=255) aagtaagtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTattatt > 1:899139/1‑71 (MQ=255) aagtaagtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTattatt > 1:3550583/1‑71 (MQ=255) agtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGaa > 1:1094509/1‑52 (MQ=255) agtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGaa > 1:613492/1‑52 (MQ=255) agtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGaa > 1:3988359/1‑52 (MQ=255) agtTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGaa > 1:2951530/1‑52 (MQ=255) ttGCACACACAATAATTTCTTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAGCGCTCGCTATTATTCAGATaa > 1:4247/1‑71 (MQ=255) tGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCta > 1:1959342/1‑58 (MQ=255) tGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAAt > 1:1227073/1‑71 (MQ=255) gCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAGCGCTCGCTATTATTCAGATAAt > 1:2228624/1‑70 (MQ=255) acacaATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaaa < 1:2627713/71‑1 (MQ=255) acacaATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaaa < 1:456575/71‑1 (MQ=255) acacaATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:868828/70‑1 (MQ=255) acacaATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:266766/70‑1 (MQ=255) acaATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATaa > 1:3194433/1‑63 (MQ=255) acaATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAAt < 1:2034080/71‑1 (MQ=255) caATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAAt < 1:3263505/70‑1 (MQ=255) ataatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCTAAATGAg > 1:2079539/1‑71 (MQ=255) ataatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAg > 1:1676234/1‑71 (MQ=255) taatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtatta > 1:1225501/1‑50 (MQ=255) taatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtatta > 1:366032/1‑50 (MQ=255) taatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGc > 1:1821097/1‑71 (MQ=255) taatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGc > 1:3508533/1‑71 (MQ=255) aatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAAcgc > 1:2268371/1‑40 (MQ=255) aatTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaaaa > 1:315351/1‑65 (MQ=255) atTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATaa > 1:1777381/1‑57 (MQ=255) atTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCg < 1:861887/70‑1 (MQ=255) tCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGc > 1:1062512/1‑71 (MQ=255) ttCAATTAAGATCTGCTTAACTAAATAGCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCCTGGCTGtga > 1:3419802/1‑71 (MQ=255) ttCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAAcgctcgc < 1:3431343/35‑1 (MQ=255) ttCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:1762865/54‑1 (MQ=255) ttCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:349703/54‑1 (MQ=255) tCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:2554473/53‑1 (MQ=255) tCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGtgat > 1:3864615/1‑71 (MQ=255) cacttAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGtgat < 1:3481303/67‑1 (MQ=255) cAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCtatta > 1:809504/1‑38 (MQ=255) aTTAAGATCTGCTTAACTAAAGAGCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGtgat < 1:3823561/68‑1 (MQ=255) ttAAGATCTTCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCa < 1:3620541/48‑1 (MQ=255) ttAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:1327641/49‑1 (MQ=255) ttAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:3573039/49‑1 (MQ=255) aaGATCTGCTTAACTAAAGAGCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaaaa > 1:659477/1‑49 (MQ=255) aaGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAg > 1:2307475/1‑70 (MQ=255) aTCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaa < 1:2453169/44‑1 (MQ=255) cTGCTTAACTAAAGAGCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCg > 1:2248321/1‑50 (MQ=255) cTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaaaa > 1:3216442/1‑44 (MQ=255) cTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCaaaa > 1:1376568/1‑44 (MQ=255) cTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa > 1:2143464/1‑71 (MQ=255) cTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTa > 1:388275/1‑71 (MQ=255) cTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATg < 1:3482352/70‑1 (MQ=255) cTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATg < 1:3152671/70‑1 (MQ=255) aaCTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGc > 1:1094697/1‑43 (MQ=255) aaCTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGtt < 1:1645498/69‑1 (MQ=255) aCTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAg < 1:2909560/41‑1 (MQ=255) tAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTa > 1:2206104/1‑71 (MQ=255) aaGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTa < 1:1233254/69‑1 (MQ=255) gAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTg < 1:2183849/71‑1 (MQ=255) gAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTg < 1:2152552/71‑1 (MQ=255) gAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTg < 1:3880223/71‑1 (MQ=255) gAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTg < 1:1262922/71‑1 (MQ=255) aaCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGt < 1:3635659/60‑1 (MQ=255) aaCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGt < 1:2473591/60‑1 (MQ=255) aaCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGt < 1:2815734/60‑1 (MQ=255) aaCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTg > 1:1242917/1‑70 (MQ=255) aCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGt < 1:2602518/59‑1 (MQ=255) aCGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGaa > 1:1527753/1‑71 (MQ=255) | ATTAAGTAAGTTGCACACACAATAATTTCGTCTTCAATTAAGATCTGCTTAACTAAAGAACGCTCGCTATTATTCAGATAATTCAAAATGAGCGTGGCTGTGATGATAGGAATTATGTTTTTTACGTGAA > W3110S.gb/1224580‑1224709 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |