| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2173565 | NA (NA) | 34 (0.880) | 14/102 | NT | 100% | pseudogene (306/2041 nt) pseudogene (306/339 nt) |
gatR gatR |
DNA‑binding transcriptional regulator; ECK2083:JW5340+JW2074:b4498 DNA‑binding transcriptional regulator, C‑ter fragment; ECK2083:JW2074:b2090 |
| ? | W3110S.gb | = 3932933 | 0 (0.000) | coding (222/1608 nt) | dppA | dipeptide transporter | |||||
CACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCG > W3110S.gb/3932864‑3932998 | atgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGtgt < 1:158928‑M2/5‑2 (MQ=255)atgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGtgt < 1:1676282‑M2/5‑2 (MQ=255) tgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAgtgtt < 1:892204‑M2/6‑3 (MQ=255) tgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGAt < 1:102048‑M2/6‑1 (MQ=255) tgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGAt < 1:2929920‑M2/6‑1 (MQ=255) gtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGAt < 1:496117‑M2/6‑1 (MQ=255) tGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcc < 1:652771‑M2/70‑7 (MQ=255) tGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcc < 1:2212810‑M2/70‑7 (MQ=255) tGACGCCTCTTCCGACCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatc < 1:679551‑M2/69‑6 (MQ=255) aCGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatc < 1:2209568‑M2/67‑6 (MQ=255) acctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGc < 1:1156180‑M2/13‑1 (MQ=255) acctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGc < 1:2411331‑M2/13‑1 (MQ=255) tctTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacg < 1:1098264‑M2/71‑15 (MQ=255) ctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGc > 1:3232052‑M2/54‑71 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt < 1:1395035‑M2/70‑16 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacg < 1:89926‑M2/69‑15 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:2957383‑M2/70‑18 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:1800014‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:968940‑M2/1‑53 (MQ=255) cGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaat > 1:2978847‑M2/1‑52 (MQ=255) cGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaat > 1:2113196‑M2/1‑52 (MQ=255) tCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatg > 1:2964690‑M2/1‑50 (MQ=255) tttactcacttagccgcgtgtccactattgcttggtaagatcAGTg < 1:2906371‑M2/4‑1 (MQ=255) tttactcacttagccgcgtgtccactattgcttggtaagatcAGTg < 1:3495508‑M2/4‑1 (MQ=255) tttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTg < 1:2869007‑M2/4‑1 (MQ=255) cTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcc < 1:3600116‑M2/51‑7 (MQ=255) cTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcc < 1:627215‑M2/51‑7 (MQ=255) cTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcc < 1:774577‑M2/51‑7 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca < 1:3610959‑M2/68‑26 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca < 1:1506153‑M2/68‑26 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca < 1:3226305‑M2/68‑26 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca < 1:1463219‑M2/68‑26 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaat < 1:567154‑M2/61‑19 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaat < 1:1682414‑M2/61‑19 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaat < 1:513541‑M2/61‑19 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaat < 1:3678756‑M2/61‑19 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaat < 1:1637812‑M2/61‑19 (MQ=255) actcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGaa < 1:1313332‑M2/31‑1 (MQ=255) taACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatcga > 1:1591485‑M2/1‑40 (MQ=255) taACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatcga > 1:1587266‑M2/1‑40 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTgg < 1:3572351‑M2/28‑1 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTgg < 1:2261168‑M2/28‑1 (MQ=255) cttagacgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTgg < 1:1192387‑M2/28‑1 (MQ=255) agccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCg < 1:3195257‑M2/38‑1 (MQ=255) gccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGaa < 1:2387941‑M2/40‑1 (MQ=255) gccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGaa < 1:2565845‑M2/40‑1 (MQ=255) gccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGaa < 1:2331924‑M2/40‑1 (MQ=255) gTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt < 1:2676874‑M2/71‑42 (MQ=255) cgtgtccactattgctgtgtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCg < 1:337490‑M2/38‑1 (MQ=255) tGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttc < 1:1583979‑M2/71‑44 (MQ=255) tGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttc < 1:2713624‑M2/71‑44 (MQ=255) gAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaat > 1:1184712‑M2/1‑27 (MQ=255) tccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGaa > 1:2453339‑M2/23‑53 (MQ=255) tccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGTCGGTaaa < 1:3078761‑M2/49‑1 (MQ=255) tccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaa < 1:130336‑M2/49‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttct > 1:3710950‑M2/1‑26 (MQ=255) aaTTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttct > 1:157181‑M2/1‑26 (MQ=255) actattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAAcc < 1:2632098‑M2/52‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTc < 1:1105816‑M2/34‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTc < 1:1500736‑M2/34‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTc < 1:2501207‑M2/34‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAAcc < 1:1539051‑M2/52‑1 (MQ=255) tattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTggg < 1:2061347‑M2/29‑1 (MQ=255) tattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:472370‑M2/18‑71 (MQ=255) tattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:2210769‑M2/18‑71 (MQ=255) attgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:3519742‑M2/17‑70 (MQ=255) attgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:3307463‑M2/17‑70 (MQ=255) attgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:3591638‑M2/17‑70 (MQ=255) attgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:2656331‑M2/17‑70 (MQ=255) attgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:441759‑M2/17‑70 (MQ=255) attgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:3218362‑M2/17‑70 (MQ=255) attgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:1552155‑M2/17‑70 (MQ=255) attgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:2861562‑M2/17‑70 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGaa > 1:3304765‑M2/16‑46 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:1711104‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:1600637‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:15708‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:2761941‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:2160670‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:3549629‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:1376281‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:1350412‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:3231842‑M2/16‑71 (MQ=255) gctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa > 1:227905‑M2/14‑55 (MQ=255) gctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACgg > 1:411504‑M2/14‑58 (MQ=255) gctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATAcc > 1:3595598‑M2/14‑71 (MQ=255) gctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATAcc > 1:3127741‑M2/14‑71 (MQ=255) ggCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaat > 1:3531447‑M2/1‑15 (MQ=255) ggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAAcc < 1:1539046‑M2/52‑1 (MQ=255) gtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCa < 1:2791217‑M2/63‑1 (MQ=255) gtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCa < 1:2587628‑M2/63‑1 (MQ=255) gtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCa < 1:3584585‑M2/63‑1 (MQ=255) accaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacag < 1:327150‑M2/40‑29 (MQ=255) accaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacag < 1:256862‑M2/40‑29 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaa < 1:3133045‑M2/49‑1 (MQ=255) atcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTc < 1:3150371‑M2/34‑1 (MQ=255) tcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCg > 1:1236389‑M2/3‑71 (MQ=255) cAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa > 1:1722306‑M2/2‑43 (MQ=255) cAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa > 1:1764925‑M2/2‑43 (MQ=255) cAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa > 1:3386121‑M2/2‑43 (MQ=255) | CACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCG > W3110S.gb/3932864‑3932998 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |