| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 53 (1.370) | 22/102 | NT | 88.3% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 7 (0.180) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748740‑3748877 | gATTAATTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:3215473‑M2/1‑68 (MQ=255)gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2773392‑M2/1‑68 (MQ=255)gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:3490645‑M2/1‑68 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccATAATAACAATAACCCg < 1:2115717‑M1/17‑1 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaata > 1:750407‑M1/54‑65 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:1399173‑M1/54‑64 (MQ=255) cattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg < 1:1782967‑M1/25‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:2468179‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:1892482‑M1/29‑1 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttact > 1:1556906‑M2/1‑49 (MQ=255) tgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgat > 1:1994115‑M2/1‑48 (MQ=255) tgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa < 1:2805343‑M1/32‑1 (MQ=255) gtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1872605‑M2/1‑47 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:1806504‑M1/37‑68 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag < 1:3144500‑M2/71‑28 (MQ=255) aaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag > 1:260525‑M2/1‑43 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAg < 1:2384782‑M1/38‑1 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAg < 1:288808‑M1/38‑1 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:1230751‑M1/33‑43 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:1298608‑M1/33‑57 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:833481‑M1/33‑57 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa > 1:3135366‑M1/33‑59 (MQ=255) aCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg < 1:3573117‑M2/70‑30 (MQ=255) tGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat < 1:394976‑M2/71‑33 (MQ=255) tGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:785482‑M2/70‑32 (MQ=255) tGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg < 1:547632‑M2/60‑22 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:1225354‑M1/31‑70 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc < 1:303273‑M1/40‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:3095294‑M1/31‑70 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCa > 1:1980527‑M1/31‑71 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCa > 1:3215245‑M1/31‑71 (MQ=255) ggAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:277950‑M2/66‑29 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAt > 1:3110161‑M1/29‑71 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttact > 1:2713843‑M2/1‑34 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:1938983‑M2/71‑40 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAGCCGGAATGAAGCATTGAAAAcc > 1:2464206‑M1/23‑58 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAcc > 1:140540‑M1/23‑58 (MQ=255) tcaataagttgagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAcc > 1:1117860‑M1/22‑57 (MQ=255) caataagttggagtcattaccCTTATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCa > 1:125863‑M1/22‑58 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:1502039‑M2/71‑43 (MQ=255) ggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:2221789‑M2/71‑44 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:2436624‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1166348‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:615872‑M2/69‑45 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:1394782‑M2/69‑45 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:1012756‑M1/17‑41 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:10969‑M1/17‑41 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:1295466‑M1/17‑41 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:2671383‑M1/17‑41 (MQ=255) ttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:88750‑M1/27‑1 (MQ=255) ttggagtcattacaCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:1335495‑M1/27‑1 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:845888‑M2/1‑23 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:1769489‑M2/1‑23 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg > 1:3664863‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg > 1:3223500‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg > 1:218201‑M2/1‑22 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga < 1:738089‑M2/42‑23 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:3127113‑M2/1‑17 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:715961‑M2/1‑17 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagctgctcc > 1:4595‑M2/1‑17 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcca > 1:981671‑M2/1‑16 (MQ=255) cattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:3505027‑M1/29‑1 (MQ=255) cattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:1275252‑M1/29‑1 (MQ=255) cattaccCTAATAACAATAACCAGGAATGAAGCAtt < 1:362032‑M1/29‑1 (MQ=255) cattaccCTAATAACAATAACACGGAATGAAGCAt < 1:169588‑M1/28‑1 (MQ=255) ttGCTTCTAATATCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1329180‑M2/1‑15 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:2472226‑M1/62‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAcc < 1:2418001‑M1/61‑1 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt < 1:3086150‑M2/71‑58 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaa > 1:56843‑M1/3‑70 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaa > 1:1019276‑M1/3‑70 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAc < 1:2399669/71‑1 (MQ=255) cTAATAACAATAACACGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:469870/53‑1 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa < 1:2794243/42‑1 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAg > 1:231584/1‑71 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAg > 1:3521614/1‑71 (MQ=255) taaCAggtgatgctgccaagttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:3263460‑M2/1‑5 (MQ=255) taaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg > 1:2367474‑M2/1‑5 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCaa > 1:2843132/1‑37 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCaa > 1:589576/1‑37 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:2943634/1‑50 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:2578450/1‑50 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:347004/1‑70 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:1798300/1‑70 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:1664184/1‑70 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:532787/1‑70 (MQ=255) aaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:607737‑M2/35‑32 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAt > 1:2583336/1‑37 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAt > 1:13735/1‑37 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAt > 1:2331897/1‑37 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCa > 1:2270669/1‑71 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCa > 1:1043035/1‑71 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgttt < 1:2539617‑M2/71‑69 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtt < 1:1749491‑M2/70‑68 (MQ=255) aCAgctgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg < 1:2257567‑M2/39‑37 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:514496‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:3403370‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:1512146‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:3307646‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:2985243‑M2/1‑1 (MQ=255) | GATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748740‑3748877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |