| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,702,790 | C→T | 73.4% | intergenic (‑71/+201) | rnc ← / ← lepB | RNase III/leader peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,702,790 | 0 | C | T | 73.4% | 103.2 / 45.6 | 64 | intergenic (‑71/+201) | rnc/lepB | RNase III/leader peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/4); new base T (26/21); total (39/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
CAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGA > W3110S.gb/2702727‑2702860 | cAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTc > 1:308761/1‑70 (MQ=255)cAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCg > 1:1229915/1‑71 (MQ=255)cAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCg > 1:2769865/1‑71 (MQ=255) aataaataAATGCGTCAACAATACAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGc > 1:2627947/1‑71 (MQ=255) aataaatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTg > 1:3437439/1‑69 (MQ=255) aataaatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTg > 1:143026/1‑69 (MQ=255) taaatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGcagt > 1:2750332/1‑71 (MQ=255) aatGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGcagttt < 1:873219/71‑1 (MQ=255) aatGAGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGcagttt < 1:85109/71‑1 (MQ=255) cGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGcagtttcagt > 1:300582/1‑71 (MQ=255) aacaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTag > 1:3722927/1‑70 (MQ=255) aacaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTAc > 1:2486699/1‑71 (MQ=255) aacaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTAc > 1:715555/1‑71 (MQ=255) aacaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTAc > 1:2362318/1‑71 (MQ=255) aacaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTAc > 1:2918678/1‑71 (MQ=255) aacaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTAc > 1:3022075/1‑71 (MQ=255) aacaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTAc > 1:190074/1‑71 (MQ=255) aacaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTAc > 1:311778/1‑71 (MQ=255) aacaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTAc > 1:1563959/1‑71 (MQ=255) ttCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:850618/71‑1 (MQ=255) ttCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:3505911/71‑1 (MQ=255) ttCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:3546558/71‑1 (MQ=255) ttCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:723696/71‑1 (MQ=255) tCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta > 1:1234897/1‑70 (MQ=255) aGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTTCAGTTTCAGTTTACCGGtata < 1:149579/70‑1 (MQ=255) aGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata < 1:2682840/70‑1 (MQ=255) aGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata < 1:146274/70‑1 (MQ=255) aGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata < 1:372587/70‑1 (MQ=255) cacGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:3335655/64‑1 (MQ=255) cacGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:271564/64‑1 (MQ=255) gAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:1402629/61‑1 (MQ=255) cAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTAcc > 1:595886/1‑53 (MQ=255) cAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:3218185/1‑59 (MQ=255) cAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGATTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:1999491/1‑59 (MQ=255) gATATGCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:922859/1‑52 (MQ=39) gATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:2175821/1‑52 (MQ=255) gATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:661428/1‑52 (MQ=255) gATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:407447/1‑52 (MQ=255) gATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:783974/1‑52 (MQ=255) gATATACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:2554811/50‑1 (MQ=255) atatACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:3179124/49‑1 (MQ=255) atatACATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:2429355/49‑1 (MQ=255) ataCATGGTTCTGGTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCgtg > 1:2469683/1‑71 (MQ=255) ataCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:987678/1‑49 (MQ=255) ataCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:1387626/1‑49 (MQ=255) ataCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata > 1:3398044/1‑49 (MQ=255) taCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:1675302/46‑1 (MQ=255) taCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:561597/46‑1 (MQ=255) taCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGta < 1:2807315/46‑1 (MQ=255) taCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATggg > 1:3248018/1‑52 (MQ=255) taCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCgtgt > 1:2359840/1‑71 (MQ=255) taCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCgtgt > 1:3292432/1‑71 (MQ=255) taCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCgtgt > 1:1293207/1‑71 (MQ=255) taCATGGTTCTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCgtgt > 1:1331021/1‑71 (MQ=255) taCATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGtata < 1:3224503/48‑1 (MQ=255) cATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTGCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGc > 1:2668164/1‑71 (MQ=255) tGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGAcc < 1:3104955/52‑1 (MQ=255) gTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTg > 1:1392869/1‑71 (MQ=255) gTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTg > 1:18155/1‑71 (MQ=255) gTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTg > 1:1305116/1‑71 (MQ=255) cTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGc < 1:229938/70‑1 (MQ=255) cTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGc < 1:3305769/70‑1 (MQ=255) cTGCTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGc < 1:3310315/70‑1 (MQ=255) cTAATTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAAcc < 1:2356971/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGa < 1:375707/71‑1 (MQ=255) | CAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGA > W3110S.gb/2702727‑2702860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |