| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 85,966 | T→C | 61.9% | F113L (TTT→CTT) | ilvI → | acetolactate synthase III, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 85,966 | 0 | T | C | 61.9% | 33.9 / 43.3 | 42 | F113L (TTT→CTT) | ilvI | acetolactate synthase III, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/9); new base C (8/18); total (15/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
GATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGT > W3110S.gb/85903‑86024 | gATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAgg < 1:829256/70‑1 (MQ=255) attccattccATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAg < 1:173637/68‑1 (MQ=255) attccattccATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAg < 1:601669/68‑1 (MQ=255) attccattccATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAg < 1:2334504/68‑1 (MQ=255) attccattccATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAg < 1:2664709/68‑1 (MQ=255) attccattccATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAg < 1:2794458/68‑1 (MQ=255) attccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGa < 1:2822932/71‑1 (MQ=255) attccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGa < 1:1688235/71‑1 (MQ=255) attccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGa < 1:1870672/71‑1 (MQ=255) attccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGa < 1:1767759/71‑1 (MQ=255) attccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGa < 1:1995337/71‑1 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACAt > 1:30570/1‑71 (MQ=255) ccattAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACAt > 1:752451/1‑71 (MQ=255) ccatgAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACAt > 1:3553940/1‑71 (MQ=255) ttAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAt < 1:996748/68‑1 (MQ=255) ttAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAt < 1:2802115/68‑1 (MQ=255) ttAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAt < 1:3650330/68‑1 (MQ=255) ttAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAt < 1:686317/68‑1 (MQ=255) ttAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAt < 1:767930/68‑1 (MQ=255) aGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAtgg > 1:2963460/1‑68 (MQ=255) aGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAtgg > 1:2967827/1‑68 (MQ=255) ttGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTT‑ATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGa < 1:78942/71‑1 (MQ=255) ttCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGa > 1:988347/1‑48 (MQ=255) tCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTcgc < 1:3094188/70‑1 (MQ=255) tCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTcgc < 1:2306985/70‑1 (MQ=255) tCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGG‑TACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTcgc < 1:2762675/69‑1 (MQ=255) gTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACAt < 1:3406247/47‑1 (MQ=255) gTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGa < 1:1188609/55‑1 (MQ=255) tAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCggtggt > 1:3317923/1‑70 (MQ=255) tAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCggtggt > 1:1139419/1‑70 (MQ=255) aGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCggtggt > 1:1959556/1‑69 (MQ=255) aGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGtt > 1:2847241/1‑70 (MQ=255) aGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGtt > 1:3415104/1‑70 (MQ=255) aGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGtt > 1:783378/1‑70 (MQ=255) tCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACAtg < 1:2758329/39‑1 (MQ=255) tCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACAtg < 1:1224217/39‑1 (MQ=255) tCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACAtg < 1:1559598/39‑1 (MQ=255) tCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACAtg < 1:2193354/39‑1 (MQ=255) tCGTTGATAGGTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACAtg < 1:3611643/39‑1 (MQ=255) gTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGt > 1:429582/1‑70 (MQ=255) gTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGt > 1:3239120/1‑70 (MQ=255) gTTACGATGCCCTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGt > 1:2951115/1‑70 (MQ=255) | GATTCCATTCCATTAGTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTTGATAGGTTACGATGCCTTTCAGGAGTGCGACATGGTGGGGATTTCGCGACCGGTGGTTAAACACAGTTTTCTGGT > W3110S.gb/85903‑86024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |