| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,566,303 | T→C | 77.2% | C8C (TGT→TGC) | yihR → | predicted aldose‑1‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,566,303 | 0 | T | C | 77.2% | 160.4 / 43.7 | 79 | C8C (TGT→TGC) | yihR | predicted aldose‑1‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/6); new base C (19/41); total (32/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTA > W3110S.gb/3566237‑3566362 | cGGTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATg > 1:2561858/1‑70 (MQ=255) gTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCaa < 1:3288223/71‑1 (MQ=255) gTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCaa < 1:1547088/71‑1 (MQ=255) tttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcaa < 1:3700712/70‑3 (MQ=255) tttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa > 1:543710/1‑71 (MQ=255) ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGTGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:1429182/70‑1 (MQ=255) ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:1035551/70‑1 (MQ=255) ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:797862/70‑1 (MQ=255) ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:3689884/70‑1 (MQ=255) ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:3276904/70‑1 (MQ=255) ttGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGGGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:2187793/70‑1 (MQ=255) cAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGt > 1:514092/1‑70 (MQ=255) cAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGAATTGCAGTg > 1:2313176/1‑71 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGc > 1:879510/1‑46 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTg > 1:2719774/1‑70 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTg > 1:1022806/1‑70 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGAATTGCAGTg > 1:1792687/1‑70 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCa > 1:3178756/1‑62 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCa > 1:969665/1‑62 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCa > 1:594339/1‑62 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCa > 1:1567823/1‑62 (MQ=255) cTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:918560/53‑1 (MQ=255) cTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:3235811/53‑1 (MQ=255) cACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGa > 1:1187074/1‑71 (MQ=255) aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAgcc > 1:1768604/1‑69 (MQ=255) aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:2750934/1‑71 (MQ=255) aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:1594478/1‑71 (MQ=255) aCGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:562712/1‑71 (MQ=255) ggAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:1966427/1‑71 (MQ=255) ggAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:1989632/1‑71 (MQ=255) ggAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGt > 1:3653367/1‑71 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:2927582/47‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:3103275/47‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:1309029/47‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:122256/47‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:1089640/47‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:852986/47‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:3296398/69‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:1527109/69‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:3254395/69‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:580699/69‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:3002319/69‑1 (MQ=255) gCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:1718460/69‑1 (MQ=255) tGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACt > 1:2466605/1‑71 (MQ=255) tGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACt > 1:2396704/1‑71 (MQ=255) gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGc < 1:433687/50‑1 (MQ=255) gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGc < 1:2735533/50‑1 (MQ=255) gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGc < 1:1871500/50‑1 (MQ=255) gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:1643571/38‑1 (MQ=255) gTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:2439058/38‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTTCCTTGCATGCAAATCACCAATATGc < 1:519775/44‑1 (MQ=38) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:2591912/37‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:2473768/37‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:1337099/37‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCAcc < 1:1067495/37‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:3639998/43‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATg < 1:3220066/43‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGc < 1:3254291/44‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTg < 1:390376/71‑1 (MQ=255) aTGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATTTg < 1:2685034/42‑1 (MQ=38) aTGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTg < 1:2594762/70‑1 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCaa < 1:2860445/37‑1 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCAt > 1:221830/1‑44 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGAATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGcc > 1:2998908/1‑71 (MQ=255) tCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAata > 1:436733/1‑37 (MQ=255) ttaattaaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGAc > 1:1831689/1‑53 (MQ=255) ttaattaaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCggg > 1:423696/1‑71 (MQ=255) ttaattaaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCggg > 1:1233887/1‑71 (MQ=255) aattaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCAc > 1:2247055/1‑59 (MQ=255) aattaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCAc > 1:742440/1‑59 (MQ=255) attaaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGTCAGACCGTTTCACTTGCCGCggggg < 1:2529320/70‑1 (MQ=255) taaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGAt > 1:1679738/1‑70 (MQ=255) aaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGAtt < 1:3629550/70‑1 (MQ=255) aaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGAtt < 1:3258827/70‑1 (MQ=255) aaGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGAtt < 1:1540854/70‑1 (MQ=255) aaGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTa > 1:701208/1‑71 (MQ=255) ggTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:2436531/50‑1 (MQ=255) ggTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:3509758/50‑1 (MQ=255) ggTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGttt < 1:2221825/50‑1 (MQ=255) | CGGTGCAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGCGGGGGATTA > W3110S.gb/3566237‑3566362 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |